Водные ресурсы Ненецкого автономного округа отличаются богатством и разнообразием. Территория Ненецкого автономного округа относится к бассейну Северного Ледовитого океана, большая часть принадлежит бассейну Баренцева и Печорского морей, крайняя западная часть – бассейну Белого моря, крайняя восточная – бассейну Карского моря. Территория округа омывается на западе водами Белого, на севере Баренцева и Печорского, на северо-востоке Карского морей, образующими многочисленные заливы — губы: Мезенскую, Чёшскую, Колоколковскую, Печорскую, Хайпудырскую и др.
Обская губа — залив Карского моря, является одним из крупнейших морских заливов российской Арктики, его площадь — 44 км².
Речная сеть Ненецкого автономного округа представлена 1854 реками общей протяжённостью 47 144 км (густота речной сети 0,27 км/км2), большая часть которых относится к малым рекам и ручьям. Реки имеют в основном равнинный характер, а на кряжах — порожистый. Для них характерно смешанное питание с преобладанием снегового (до 75%). Реки региона относятся к восточно-европейскому типу водного режима, для них характерно весеннее половодье с резким повышением уровня воды, летнее-осенняя межень, изредка прерываемая дождевыми паводками, и низкая зимняя межень. Продолжительность ледостава 7-8 месяцев. Толщина льда к концу зимы достигает 0,7-1,2 м, а небольшие тундровые реки промерзают до дна.
Самыми крупными являются Обь в ее устье, а также реки Надым, Таз и Пур. Река Обь, одна из самых протяженных в России, течет в пределах округа двумя мощными рукавами.
На территории автономного округа расположены нижние части бассейнов Печоры, Кары и Коротаихи, а также ряда средних и малых рек, впадающих в Баренцево и Карское моря. Также крупнейшими реками, частично или полностью протекающими по территории автономного округа, являются притоки Печоры первого и второго порядка – Сула, а также Адзьва и Колва (притоки р. Усы). Особое место занимает река Печора, в пределах округа находится её низовье (220 км) с обширной дельтой. Глубины позволяют морским судам подниматься до Нарьян-Мара. По водности Печора уступает в европейской части России только Волге. Значительны реки Вижас, Ома, Снопа, Пёша, Волонга, Индига, Чёрная, Море-Ю, Коротаиха, Кара, а также притоки Печоры — Сула, Шапкина, Лая, Колва, Адзьва. Среди регионов Северо-Западного федерального округа Ненецкий АО занимает последнее место по густоте речной сети.
По данным Института озероведения Российской Академии Наук на территории Ненецкого автономного округа расположено более 160 тыс. озёр и искусственных водоёмов общей площадью более 6,2 тыс. км2 (озёрность 3,51%), в том числе около 106 тыс. озёр площадью более 0,01 км2 и ряд озёр меньшего размера. Большинство озер – мелкие водоемы с площадью до 2 кв. км.
На территории округа встречаются следующие типы озер: глубокие озера ледникового типа, термокастровые мелководные, сформированные при изменении геоморфологии речных пойм. Часть озер – вторичные, внутриболотные мелкие водоемы, расположенные группками среди болот. Пойменные озера-старицы встречаются в долинах рек.
Большая часть озёр расположенных в Большеземельской и Малоземельской тундрах региона относится к термокарстовым. Широкое распространение имеют старичные озёра, расположенные, преимущественно, в долине Печоры, и лагунные.
Большое количество озер ледникового происхождения, — одна из характерных черт ландшафта Ямало-Ненецкого АО. Среди озёр выделяются два крупных озера (площадь свыше 100 кв. км.) – Голодная Губа, Песчанка-То. И другие Городецкое, Варш, Несь, системы озёр: Вашуткинские, Урдюжские, Индигские и др.
Особенностями многих поверхностных водоёмов автономного округа является высокое содержание соединений железа и органических веществ. Практически все водоёмы автономного округа являются естественными, доля искусственных водоёмов крайне мала.
Болота и заболоченные земли занимают 19,13% территории Ненецкого автономного округа – 33 818 км2. Среди регионов федерального округа Ненецкий АО занимает третье место по заболоченности территории после Мурманской области и Республики Карелии.
Площадь и число озёр и искусственных водоёмов, болот и заболоченных земель непостоянны, они зависят от природных (водный режим, климатические явления, заболачивание и др.) и антропогенных (осушение территорий и др.) факторов.
В реках и озерах водится много рыбы: сиг, нельма, ряпушка, семга, омуль, язь, щука, сорога, налим, окунь, хариус, пелядь. В прибрежных районах обитают сельдь, камбала, навага, корюшка, сайка и др.
Подземные водные ресурсыПодземные воды характеризуются огромным артезианским бассейном, включающим запасы термальных вод. Подземные воды, за исключением района города Нарьян-Мара, изучены недостаточно.
Прогнозные ресурсы подземных вод Ненецкого автономного округа составляют 2712 тыс. м3/сут (2,3% общего объёма прогнозных ресурсов подземных вод Северо-Западного федерального округа и 0,31% – России). Запасы подземных вод региона на 1 января 2015 года составляют 63,07 тыс. м3/сут, что соответствует степени изученности 8,02%.
В 2014 г. из подземных водных объектов автономного округа добыто и извлечено 108,4 тыс. м3/сут, в том числе на месторождениях – 21,1 тыс. м3/сут. Степень освоения запасов подземных вод составляет 9,7%.