Верхнекетский район Томской области имеет развитую речную сеть. Густота речной сети района составляет 0,25–0,30 км/км². 149 рек общей протяженностью 67 тыс.км.

Наиболее крупные:
р. Ингузет
р. Кеть протекает через р.п. Белый Яр, п. Степановка, д. Максимкин Яр, п. Катайга, п. Усть-Озерное, имеет множество притоков
р. Кузурова
р. Лисица протекает через п. Лисица
р. Орловка протекает через п. Центральный и п. Дружный)
р. Росомаха
р. Суйга
р. Тоголика
р. Утка
р. Чагисейка
р. Чачамга протекает через п. Клюквинка

Основным источником питания рек являются зимние осадки. В северо-восточной части района находится водораздел рек Обь и Енисей.

Ежегодно на территории района добывается от 0,5 до 0,9 млн. м3 артезианской воды в год. Прогнозные ресурсы подземных вод составляют 8076,3 тыс. м утвержденные эксплуатационные запасы - 30,0 тыс. м 3, что соответствует 0,5% от областных запасов.

Район располагает уникальными источниками лечебных и термальных минеральных вод, эффективных при лечении опорно-двигательного аппарата, нервной и сердечно – сосудистых систем, заболеваний кожи. В мизерной доле они используются из скважины в р.п. Белый Яр.

5 крупных озер, площадь зеркала воды которых составляет от 10,2 до 16,4 км2 - Кагозес, Якынр, Дикое, Варгато, Елань, Шалиндра.

Озеро Варгато расположено в 60 км на северо-запад от р.п. Белый Яр. Является одним из самых крупных в области, занимая площадь 1600 га. Глубина озера небольшая – в среднем около 2 м.
Со всех сторон озеро окружено болотами, местами покрытыми невысокими соснами. Озеро труднодоступно – добраться к нему можно только на вертолёте или снегоходе.
Характеризуется богатыми Здесь нередко ловятся окуни весом 1 – 1,2 кг, а также 10-килограммовые щуки.

Озеро Светлое ж/д станция Белый Яр ежегодно в водах озера проходят крещенские купания, а также таинство Крещения полным погружением в открытой воде
Окуневые озера 4 км от п. Белый Яр
Озеро Язёвое 25 км к востоку от п. Белый Яр, лечебно-оздоровительная местность благоприятная для рекреации и санаторно-курортного лечения, профиль – грязевой (озерные сапропели), сезонное климатолечение
Озеро Поганое п. Степановка

Автор фото Александр Г