На территории района протекают реки Уймень и Саракокша. В их низовьях планируется создание охранной природной зоны — республиканского этно-природнго парка “Тубаларский”. Река Уймень берет свое начало из озера Уйменье в южной высокогорной части района. Здесь, на берегу одного из ее притоков — реки Ложа — на высоте 1100 м над уровнем моря находится приют “Альбаган”, на базе которого организуются интересные экскурсионные пешие и конные походы с восхождениями на вершины и перевалы, осмотром многочисленных озер и водопадов, рыбной ловлей.

Эта местность является главным водоразделом Северо-Восточного Алтая. Кроме Уйменя, здесь берут свое начало реки Куба, Пыжа, Сумульта, Чемал, Чили. Еще во времена СССР по этим местам проходили плановые пешие, конные и лыжные маршруты, пользовавшиеся заметной популярностью.

Уже более десяти лет существует проект строительства на реке Уймень малой ГЭС, интерес к которому в последнее время вновь возрос. Недавно по заказу администрации Чойского района красноярские проектировщики из ОАО “Красноярск-гидропроект” оценивали этот проект и пришли к выводу, что он является вполне реальным и перспективным. Это один из проектов по развитию малой гидроэнергетики в Горном Алтае, и кроме слов и планов в этом направлении есть уже практические шаги. В 2002 году в Улаганском районе была достроена и запущена мини-ГЭС мощностью около 400 кВт на одном из притоков Чулышмана. Правда, подобные мини-ГЭС зачастую способны решить лишь локальные энергетические проблемы малых населенных пунктов. Проектная мощность ГЭС на реке Уймень составляет 10 мегаватт, среднегодовая выработка электроэнергии — 47 миллионов киловатт-часов, а это больше сегодняшней потребности Чойского и Турачакского районов республики вместе взятых. Не совсем понятно только, согласуются ли как-то эти планы с планами создания в этих местах природного парка.