Славится Тунка и своими минеральными источниками. Наиболее известны Аршан, Нилова Пустынь, Шумак, на которых действуют курорты, Аршан - здравница союзного значения.

Углекислые радоновые термы Шумака
Расположены в живописном уголке северного склона Тункинских гольцов на высоте 1558 м над уровнем моря. Используются при заболеваниях желудочно-кишечного тракта, печени и желчных путей, при лечении диабета, функциональных расстройств сердечно-сосудистой и нервной систем, хронических заболеваний верхних дыхательных путей.

Углекислые воды курорта Аршан
Эффективны при лечении заболеваний сердечно-сосудистой системы, функциональных расстройств нервной системы, при заболеваниях желудочно-кишечного тракта. Аршан , минеральный источник, курортный поселок в Тункинском районе - от слов арасан, арашаан, аршан, что означает минеральный или теплый источник, имеющий целебное значение. В прошлом буддисты приписывали свойство аршана некоторым пресным источникам и поэтому аршаном стали называть ключи(булаг) с холодной пресной, чистой водой, придавая им целебное значение . Этот термин широко распространен в Монголии, Китае, Средней Азии, Алтае и в Восточной Сибири. Происхождение его связывают с санскритским рашиани -нектар, питье богов.

Нилова Пустынь, по-бурятске Тураанай халуун аршаан , т.е. Туранский горячий источник, урочище с минеральным иточником, курортное селение в Тункинсом районе носит имя иркутского архиепископа Нила. Источник открыт в начале ХIХ в. В 1840 г. были сделаны первые анализы воды и построены дом и ванное здание. В 1845 г. это было передано архиепископу Нилу Столбинскому, который объявил место “пустынью” и построил церковь.

Метановые термы Жемчужного источника

На базе источника функционирует водолечебница местного значения. Лечение рекомендуется при заболеваниях опорно-двигательной и нервной систем, кожных и гинекологических болезнях. Жемчуг, по-бурятски жэмhэг, - лучшие кусочки мяса, которые подносили ближним в подарок при закалывании животного на еду, или от слова жэмэс - ягоды, жэмэсэй - ягодный, то есть ягодное место.

Железистые источники Хонгор-Уулы
Источники расположены в 9 км от села Жемчуг в горном лесном массиве, в долине реки Харагун. Воды источников используются при лечении глазных болезней, при заболеваниях верхних дыхательных путей.

Папийн Аршан - источник слабоминерализованной воды в живописной местности у подножия Тункинских гольцов. Культовое место. Родник представляет собой не большое озеро диаметром около 5 м. От родника идут самодельные деревянные желоба, по которым вода попадает в самодельный металлический чан для нагревания, откуда она подается в ванны. Вода источника с добавлением лекарственных трав издавна используется местными жителями для лечения. На источнике имеется 5 деревянных изб и вагончик для проживания отдыхающих.

Субурга - разветвляющийся ручей слабоминерализованный, предположительно карстовой воды на залесенном склоне Тункинских гольцов. У истока ключа ламы Хандагатайского дацана возвели каменный субурган и источник стал называться Субургын Аршан и является культовым местом. Аршан помогает при болезнях ног, рук, хромоте, внутренних болезнях. В настоящее время около ручья стоит деревянная обветшавшая 8-угольная бурятская юрта, имеются старые лежанки. Во время посещения рекомендуется вести себя тихо, перед восхождением к Субургану провести обряд очищения возжиганием огня и воскурением арсы. Рекомендуется также оставлять подношения в виде монет, конфет и печенья.