Под водоёмами и болотами занято 869 га территории района. Реки на территории района в основном небольшие и мелководные, распределены по территории района равномерно. Наиболее значимая река — Малый Кундыш, приток Малой Кокшаги.

Малая Кокшага (мар. Изи Какшан) — река в Марий Эл, левый приток Волги, впадает в Куйбышевское водохранилище.

Длина 194 км, площадь бассейна 5160 км². Русло извилистое, на пойме много стариц. Питание преимущественно снеговое. Средний расход около 30 м³/с. Замерзает в ноябре, вскрывается в апреле.

На Малой Кокшаге расположена столица республики — город Йошкар-Ола.

Начинается на севере республики Марий Эл, в Оршанском районе, на слонах Вятских увалов. Течёт в юго-западном направлении. После Йошкар-Олы поворачивает на юг и течёт по заболоченному руслу среди смешанного леса. Впадает в Куйбышевское водохранилище у села Кокшайск, в 5 км ниже Большой Кокшаги.