Район богат водными ресурсами. На его территории протекает 16 малых рек, а также расположена большая часть Новосибирского водохранилища. Озёр в районе практически нет, есть только сельскохозяйственные пруды. На территории района располагается средняя часть Новосибирского водохранилища протяженностью 86 километров. Ширина его не превышает здесь 4 километра, глубина достигает 12 метров. Малые реки короткие, маловодные и мелководные.
Новосибирское водохранилище («Обское море») — искусственное водохранилище на Оби, возле города Новосибирска, образовано плотиной Новосибирской ГЭС, заполнено в 1957—1959 годах. Находится на территории Новосибирской области и Алтайского края. Города на берегах водохранилища: Бердск, Камень-на-Оби, Новосибирск.
В результате создания водохранилища была полностью затоплена центральная историческая часть города Бердска, а также несколько деревень Новосибирской области.
Площадь 1070 км², объём 8,8 км³, длина 200 км, наибольшая ширина 22 км, наибольшая глубина 25 м, зимой замерзает.
Обское море — место активного отдыха и ежегодного проведения соревнований по парусному спорту на Кубок России и Кубок Обского моря.