Город расположен на берегу реки Белой, при впадении в неё рек Уфа и Дёма, на Прибельской увалисто-волнистой равнине, в 100 км к западу от хребтов Башкирского (Южного) Урала. В основном, город занимает пространство в междуречье рек Уфы и Белой, которое, полуофициально именуется Уфимский полуостров.