По территории района протекают 2 красивейшие реки, левые притоки Уфы - Ай и Юрюзань. Река Юрюзань берет свое начало в многочисленных ручейках, сбегающих с отрогов горы Ямантау и хребта Машак. Общая протяженность реки - 430 км. Русло очень извилистое. Долина то сужается до 100 метров, то расширяется до полутора километров. Вскрытие происходит в начале второй декады апреля, а ледоход длится 2-5 дней. Максимальные уровни весеннего половодья наступают через 2-9 дней, меженный период - - начале 5 июня. Дно Юрюзани в основном крупногалечное. На правом склоне реки, возле деревни Сарапуловка расположена скала с тремя пещерами в 146, 28 и 17 метров.

Река Ай начинается на болотистом плоскогорье восточного склона хребта Аваляк.

Длина реки 580 км, долина имеет в верховьях каньонообразный характер. Начало половодья приходится на 9-10 апреля. Ледостав устанавливается 14-17 ноября. Течение очень быстрое из-за большого уклона, в русле встречаются большие камни, часты пороги.

В районе есть небольшие озера, образованные на местах карстовых провалов, у сел Дуван, Митрофановка, Тастуба, Улькунды и других.