Реки района относятся к бассейну озера Байкал, к типу рек с половодьем и паводками. Водный режим рек характеризуется неустойчивостью. По соотношению основных источников питания реки Кижингинского района относятся к рекам с преобладанием дождевого стока (доля талых вод составляет 20-30 %, дождевых - 60-70 %)

За период половодья на реках района проходит около 20 % годового стока, во время дождевых паводков - около 60 %. Объем стока летне-осенней межени на отдельных реках достигает 14-18 %. Сток зимней межени имеет небольшую величину (около 2 % годового объема); многие реки зимой промерзают, а летом пересыхают.

Основной водной артерией района является р. Кодун, впадает в р.Уду, протекая с запада на восток. Длина реки 252 км.