В районе протекает река Баргузин. Великое природное благо: и целебные аршаны, хрустально чистые горные реки, полные рыбой, и водопады, и озера, и своеобразный микроклимат побережья рек.

Курумканский район невозможно представить без многочисленных рек, относящихся к бассейну озера Байкала и реки Баргузин, озер, ключей. Высоко в горах, где встречаются Икатский и Южно-Муйские хребты, берут начало реки Баргузин (протяженность на территории района - 333 км), Цыпа и Котера. В верховьях Баргузина, который несет свои воды с востока на запад к Байкалу, текут его многочисленные притоки - Гарга (длина -151 км), Аргада (144 км), а также Джерга, Алла и другие небольшие речки и ручьи с кристально чистой водой.

В «сердце» Джиргинского заповедника находится священная реликтовая Амутская котловина (она появилась много веков назад в ледниковый период), где есть множество крупных и небольших озер. Самое большое из живописных ледниковых озер - Амут, которое называют драгоценным камнем в ожерелье озер котловины. Оно отличается прозрачностью и холодными водами (максимальная летняя температура достигает лишь +6 градусов). Уникальны и другие озера - удивительный бессточный водоем Малан-Зурхэн и утопающее в зелени кедрового стланика озеро Якондыкон. Большой интерес у гостей Курумкана вызывают и озеровидные расширения реки Баргузин - Боолон-Тумур и Чурикто. Дно этих неглу­боких водоемов усеяно крупными гранитными глыбами. По преданиям, на берегу озера Боолон-Тумур когда-то жил могущественный шаман, который даровал дожди и воду. В наши дни на месте шаманского жилища установлен молитвенный столб - священное обоо, испещренное древними письменами на санскрите.