По району протекают реки Эрутта, Этэлькуйым и другие.
В районе много озёр, среди них Амагытгын, Йынрыгытгын, Тэлегытгын, Экитыки, Эрвынайгытгын, Янранайгытгын и другие, крупнейшее из них — Койныгытгын, имеющее шестую на Камчатке площадь водного зеркала.
В разное время городской округ Эгвекинот, имел название и Иультинский район и Восточный район.