По Нефтеюганскому району Ханты-Мансийского АО протекают реки Большой Балык и Большой Салым река в Зап. Сибири, левый приток Оби. 583 км, площадь бассейна 18,1 тыс. км2.

Реки Нефтеюганского района:
Ай-Енёнъяха
Ай-Чёпырьега
Айега
Айшиш
Айяун
Большая Юганская
Большая Юрьега
Большой Балык
Большой Варьёган
Большой Карен
Большой Карьёган
Большой Репьёган
Большой Салым
Большой Юган
Вандрас (приток Большого Салыма)
Вачиях
Ведедыпхур
Вельигль
Вонтъях
Вулуиръегарт
Икигль
Камчинская
Камъега
Каркатеевская
Карпынгъега
Кетмигый
Кингъях
Коонъях
Куимъега
Кутьях
Кыусъях
Лев (приток Вандраса)
Лульхъях
Ляркина
Маклак
Малая Тёпла
Малый Балык
Малый Варьёган
Малый Карен
Малый Салым
Метльмехигль
Мохкотъёга
Навыем
Нарымъега
Невдаръега
Нёръега
Нивыръега
Нумторъега
Парки (приток Айяуна)
Пойк
Понымъега
Пучипигый
Пывъях
Пытьях
Савьях
Сагытъях
Самсоновская (приток Льва)
Сёрысъях
Сортымъёган
Сугмутынъях
Суйка
Сулкалъега
Сыгысъях
Тапатъега
Тарсап
Тартъега
Тарынгъега
Таутъега
Таутъях
Телот
Тёпла
Тепоръега
Тлянкинигый
Тукан
Тупси
Тывъёга
Тыутъях
Тыхъях
Тянклисъега
Устинкина
Чагорова
Чёплынгъега
Чёпырьега (приток Кутьяха)
Чёпырьега (приток Тукана)
Чунчъега
Чупал
Шуншъега
Эне-Термотъега
Энеогыт
Энтль-Энкаигль
Энтльигый
Энтльшиш
Юшъега
Ягумъях