Красноселькупский район располагается в среднем и верхнем течении реки Таз.

Реки Красноселькупского района
Ай-Вонтъихол
Ай-Кикэ
Ай-Мегинъёган
Ай-Эмторъёган
Айёган (приток Корылькы)
Айигол (приток Покалькы)
Аккалилькы
Алакы
Алокукикя
Амнанярылькы
Амнанярыльчипы-Кикэ
Беличья (приток Ватыльки)
Большая Оленья
Большая Тотыдэоттаяха
Большая Ширта
Большой Порог
Вангомадэяха
Варга-Ираткы
Варга-Катарылькы
Варга-Кыталькы
Варга-Нярылькы
Варка-Сылькы
Варкы-Чонтокылькы
Варкы-Чюэлькы
Велисурунъёган
Вершинная (приток Пюлькы)
Вершинная (приток Худосея)
Вонтканингъёхан
Воярмолылькы
Встречная
Выдровка (приток Корылькы)
Вэрк-Корылькы
Вэркы-Контылькы
Вэркы-Кэлькы (приток Ратты)
Вэркы-Кэтылькикэ
Вэркы-Няркыльчор
Вэркы-Польмаркылькы
Вэркы-Пюрмалькы
Вэркы-Чатылькы
Вэркыкикэ (приток Кэтыльоккы)
Вэркыкикэ (приток Нёримтели-Чатылькы)
Вэркыкы
Вэркыкэ
Вэттылькы
Вэттынылькикэ
Вэттыолькы
Горелая (приток Тетеркины)
Горелый (приток Орловы)
Гутконгдо
Дындовский Таз
Еловый (приток Малого Таза)
Заказник (приток Таза)
Заломная (приток Айёгана)
Иматтокикэ
Иннэль-Воярмолылькы
Иннэль-Катарылькы
Ираткикэ
Ираткы (приток Канылькы)
Ираткы (приток Ратты)
Ираткы (приток Тэкоделькы)
Источная (приток Кыпа-Кыталькы)
Кагылькы
Каклыльвэттылькикэ
Каклылькикэ
Какылькы
Каменистая (приток Сарына)
Каменная (приток Печчалькы)
Камэрсэйяха
Канаккикя
Канаткина
Канылькы
Катарылькы
Катыльмачилькикэ
Качильпокытылькы
Кашкы
Келлог
Кенылькикэ
Кипакикэ
Китэлькикэ
Кокалькы
Консэркикэ
Контылькы
Коодьяха
Копамнярылькы
Копыллипылькы
Коршалькикэ (приток Большой Ширты)
Коршалькикэ (приток Сукылтэчора)
Корылькикэ (приток Сукылтэчора)
Корылькикэ (приток Таза)
Корылькы (верхний приток Таза)
Корылькы (нижний приток Таза)
Корылькы (приток Варка-Сылькы)
Косылькы
Котпасылькикэ
Кукрыёган
Кукрыкъихол
Кукушкина (приток Большой Ширты)
Кумыльмотылькыке
Кунтымпамъёган
Кунтысесь
Купамелькы
Кутылькикэ
Кутылькы
Кылылькикэ
Кыльпюрма
Кыналькы
Кыпа-Ираткы
Кыпа-Канылькы
Кыпа-Катарылькы
Кыпа-Контылькы
Кыпа-Корылькы (приток Корылькы, притока Варга-Сылькы)
Кыпа-Корылькы (приток Корылькы, притока Таза)
Кыпа-Кыталькикэ
Кыпа-Кыталькы
Кыпа-Кэлилькы
Кыпа-Кэлькы (приток Ратты)
Кыпа-Кэтылькикэ
Кыпа-Кэтылькы
Кыпа-Мачилькэт
Кыпа-Мялильнярылькы
Кыпа-Нимкытылькы
Кыпа-Няркылькы
Кыпа-Нярылькы
Кыпа-Оккыльчор
Кыпа-Опылькы
Кыпа-Отрыккылькикэ
Кыпа-Печчалькы
Кыпа-Понкэтылькы
Кыпа-Пюльомтылькы
Кыпа-Сукчар
Кыпа-Сылькы
Кыпа-Тэкоделькы
Кыпа-Тэкотэдылькы
Кыпа-Тюнампылькы
Кыпа-Хэйкы (приток Хэйкы)
Кыпа-Чатылькы (приток Чатылькы, притока Тольки)
Кыпа-Чонтокылькы
Кыпа-Чурычипылькы
Кыпа-Чюэлькы
Кыпа-Ютырмалькы
Кыпакы (приток Пэккылькы)
Кыпакы (приток Таза)
Кыпакыке
Кыталькикэ
Кыталькы
Кытылькы
Кэлылькатылькикэ
Кэлылькы
Кэльдэ
Кэльмутылькикэ
Кэнтылькикэ (приток Тольки)
Кэнтылькикэ (приток Худосея)
Кэнтылькы (приток Большой Ширты)
Кэнтылькы (приток Худосея)
Кэнылькикэ
Кэнылькы
Кэнылькы (приток Пэккылькы)
Кэныльчор
Кэрипсакы
Кэрмылькы
Кэрыткикэ
Кэсылькикэ
Кэттопылькикэ
Кэтыкэ Сукылтэчор
Кэтыкэ-Тункалькикэ
Кэтылькы
Кэтыльоккы
Кюаткы
Лавсанъигол
Ланкиванпайёхан
Ланкиигол
Левая Хуттыяха
Левый Таз
Лёкъёхан
Лилъёхан
Лильвонтканинг-Ёхан
Лимпыпитылькикэ (приток Сумапорылькикэ)
Лимпыпитылькикэ (приток Тольки)
Лимпыпитылькы (приток Сумапорылькикэ)
Лимпыпитылькы (приток Худосея)
Лимпыпитыльтокикэ
Локальмачилькы
Локаткы
Лосалакакы
Лослакакикэ
Лымбадкикке
Лымпэлькикэ
Ляккылькы
Малая Вэттылькы
Малая Кашкы
Малая Парусовая
Малая Ширта
Малый Порог
Малый Таз (приток Дындовского Таза)
Марылькы
Марылькы 1-я
Марылькы 2-я
Марылькы 3-я
Материковая
Мачилькы
Мегенъихол
Мегинъёган
Медвежья (приток Таза)
Мелкая (приток Хуттыяхи)
Мемельенкайихол
Мемёнтъёхан
Мильёнкайихол
Многоисточная
Момчик
Мотылькы (нижний приток Таза)
Мотылькы (приток Воярмолылькы)
Мотылькы (приток Канылькы)
Мотылькы (впадает в Чёртово озеро)
Мутпорылькикэ
Мэрхэкы
Мялильнярылькы
Нагенъёхан
Нарынгъёган
Нёмальнярылькы
Нениэль-Польмаркылькы
Нёримтели-Чатылькы
Нёримтелиняркылькы
Нимкытылькы
Ниршалькикэ
Ныршальоккылькикэ
Ньюгантокылькы
Нюналькы
Нюнилькикэ (приток Печчалькы)
Нюнилькикэ (приток Таза)
Няркылькы
Няркыльчор
Нярылькикя
Нярылькы (приток Большой Тотыдэоттаяхи)
Нярылькы (приток Таза)
Нярыльмачилькы (верхний приток Таза)
Нярыльмачилькы (нижний приток Таза)
Нярыльунды
Нярыпорылькы
Оккы-Порылькы
Оккыльчор
Окпорылькы
Ольканыккикэ
Ольканыккы
Ондатровая
Опылькы
Орлова (приток Контылькы)
Орылькы
Отыльмотылькикэ
Отэльулыкиккэ
Панча
Панчаткы
Панчаткыщитчар
Параллельная (приток Малой Ширты)
Параллельная (приток Сарына)
Парусовая
Пеляжья
Пендаяха
Перевальная (приток Покалькы)
Перекатная (приток Каменистой)
Перекатная (приток Тотватылькы)
Печчалькикэ
Печчалькы (приток Таза)
Печчалькы (приток Часельки)
Пилькы
Пинчелькыке
Пиркы-Тоткикэ
Пихтиен
Пихтовая (приток Ратты)
Пиччалькикэ (приток Большой Ширты)
Пиччалькикэ (приток Пиччалькы)
Пиччалькы
Пиччальунты
Пиччелькы
Пожневая (приток Корылькы)
Пожневая (приток Малой Вэттылькы)
Покалькы (приток Таза)
Покалькы (приток Худосея)
Покотылькы (впадает в Верхнее Чёртово озеро)
Полугорелая
Польмаркылькы
Польмотылькикэ
Полялькы
Понголова
Понкэтылькы
Порылькикке
Порэльхэтылькы
Почикэлькы
Почуга
Правая (приток Шитчорыккы)
Правая Кашкы
Правый Таз
Пычинкы
Пэккылькы
Пэлэктытюнампылькы
Пюлькы (приток Большой Ширты)
Пюлькы (приток Ратты)
Пюлькы (приток Ундылькы)
Пюлькы (приток Худосея)
Пюлькэтыльмочилькикэ
Пюльмаркылькы
Пюльомтылькы
Пюльтотнонгы
Пюлялькы (приток Худосея)
Пюрмалькикэ
Пюрмалькы (приток Большой Ширты)
Пюрманонгы
Пюрмылькикэ
Пюсёкыке
Пянтымъёган
Ратта
Рушмотылькикэ
Сайикытакы
Санькина
Сарбын-Сесь
Сарын
Сасаткы
Саселькы
Сашкина
Сенькина (приток Кэльмутылькикэ)
Сергекикэ
Сипалькы
Сихарейяха
Соймъёхан
Сокылькикэ (приток Ратты)
Сокылькикэ (приток Токылылькы)
Сомапорылькикэ
Средний (приток Кашкы)
Стрежневая (приток Корылькы)
Стрежневая (приток Тункалькыёхана)
Сукчар
Сукылтэчор (приток Малой Ширты)
Сукылтэчор (приток Оккыльчора)
Сукылтэчор (приток Пюлькы)
Сумапорылькикэ
Сухая Алакы
Сухмытынгъёхан
Сыккыльлака-Сырылькикэ
Сыпалькы (приток Тэкоделькы)
Сырая (приток Тетеркины)
Сырылькикэ
Сэкаскикэ
Сэкаскы (приток Пэккылькы)
Сэккылькикэ
Сэккэлькикэ
Сэккэльмачилькикэ
Сэнгкикя
Сэрылькикэ (приток Велисурунъёгана)
Сэрылькикэ (приток Покалькы)
Сэрымачи
Сэрытпоры
Сэсыкаралька
Сягаскы
Сяльчальнярылькы
Таз
Тазовка
Тайменевая
Таккыль-Канылькы
Таккыль-Няркыльчор
Таккыль-Точипылькы
Таккылькагылькы
Тальниковая (приток Контылькы)
Тальниковая (приток Кунтысеси)
Тетеркина (приток Пюлькы)
Тимпытылькы
Токъякы
Токылылькы
Толька (река)
Тольмыльнонги
Тольчилькы
Тольчор
Тонукылькы
Тонулькы
Топырмачилькикэ (приток Большой Ширты)
Топырмачилькикэ (приток Таза)
Торнялькикэ
Торосколькы
Тотватылькы (приток Лимпыпитылькы)
Тотватылькы (приток Пюлькы)
Тоткыпа-Ютырмалькы
Тотчор
Точипылькы
Тунгалимвонтканинг-Ёхан
Тундровая (приток Момчика)
Тунелька
Тунелькы-Ягарт
Тункалькикэ (приток Печчалькы)
Тункалькыёхан
Тунункы
Тэкапыль-Толька
Тэкоделькы
Тэкотэдылькы
Тэмшинтэлькы
Тэпэккикя
Тэрылькикэ
Тюймылькы
Тюмыль-Ляккылькикэ
Тюмылькикэ (приток Кыпа-Печчалькы)
Тюмылькикэ (приток Тольки)
Тюмылькы
Тюмыльшюнчилькикэ
Тюнампылькикэ
Тюнампылькы (приток Мотылькы)
Тюнампылькы (приток Печчалькы)
Тюнампылькы (приток Ратты)
Тюнампылькы (приток Худосея)
Ундылькы
Ханчейяха (приток Часельки)
Худосей
Хуттыяха
Хэйкы
Хэтылькы
Чанкылькы (приток Вэттылькы)
Часелька
Чатылькы (приток Тольки)
Чебаккы
Чимылькикэ
Чингалькикя
Чирковая (приток Ватыльки)
Чонтокылькы
Чонтыкыль-Няркыльчор
Чопсмачилькикэ
Чуллякайнярылькикэ
Чурытопылькы
Чурычипылькы
Чюэлькаптыкы
Чюэлькаткы
Чюэлькэлькы
Шёльпорылькы
Шиттычорыккы
Шитчорыккы (приток Большой Ширты)
Шокольмоголикы
Щипалькы (приток Таза)
Щитылькы
Ынтылькикэ
Эллеихл
Южная (приток Ватыльки)
Ютырмалькы (приток Малой Кашкы)
Ютырмалькы (приток Часельки)
Ягмонтъихол

В Красноселькупском районе всего 41 озеро. Самые крупные из средних озер – Верхнее Чертово, Анато, Выркпокотылькыто, Кыпасылькыльпорыльту, Кэлыльто, Нумто, Ыпкыльто.