Важное навигационное значение в районе имеют реки Таз, Пур, Обская губа, Гыданская губа, Тазовская губа. Навигация длится с июля по сентябрь. Самые крупные реки района — Таз, Танама, Мессояха, Юрибей.

Реки Тазовского района:
Антипаётаяха
Большая Тотыдэоттаяха
Большая Хадытаяха
Большая Хэяха
Вадыръяха
Верхняя Ханавэйяха
Верхняя Харвутаяха
Гыда
Левая Русская
Левая Хуттыяха
Левая Хэяха
Левая Янгъяха
Лимбяяха (приток Таза)
Мадырмеяха
Малая Тотыдэоттаяха
Малая Хадытаяха
Малая Хэяха (приток Таза)
Малая Хэяха (приток Хадыты)
Малый Тагул
Маномъяха
Мессояха
Монгочеяха
Мудуйяха
Мукыръяха
Мядьюхаляяха
Нараяха
Нижняя Ханавэйяха
Нуныяха
Парнэяха (приток Ямбхадытаяхи)
Пентмяяха (приток Лимбяяхи)
Правая Хуттыяха
Правая Янгъяха
Праяха
Пухуцяяха (приток Таза)
Пяндымыяха
Русская (приток Таза)
Салякаптан
Сантеяха
Согаяха
Соръяха
Сэръяха (приток Лимбяяхи)
Сямботаяха
Таз
Танама
Хальмеръяха (приток Лимбяяхи)
Харвутаяха (приток Лимбяяхи)
Хасуйяха (приток Большой Хэяхи)
Хуттыяха
Хэяха (приток Таза)
Шенябехарвутаяха
Шенябеяха
Юредейяха
Юрибей (впадает в Гыданскую губу)
Ямбаяха
Ямбхадытаяха
Янгхойяха
Янгъяха (приток Юредейяхи)

В Тазовском районе насчитывается более 55 тыс. озер. Около 600 озер имеют площадь зеркала от 1,0 до 10 км2, 17 являются средними (из них четыре с площадью более 50 км2) и одно озеро (Ямбуто) – большое. Самые крупные озера находятся на северо-востоке района, где они образуют компактную Ямбуто-Гыдинскую озерную группу: Ямбуто (одно из девяти больших озер на Тазовском полуострове), Периптавето, Хасато, Хучето и Гыда. Самые значительные водоемы в других местах – Ярато, Парисенто, Вэнто, Хыденто, Ханебчето, Енелово, Ёрято, Пыемалто, Лангто.