Крупные реки района: Алдан, Унгра, Тимптон, Гонам, Учур, Амга.
Все реки обладают быстрым течением, изобилуют перекатами и порогами.
По проходимости относятся к III и IV категории сложности, судоходный участок реки Алдан составляет 1 763 км. Долины рек практически безлюдны и слабо освоены.
Самая высокая точка района — 2 264 м (гора у истоков р. Гонам).