В районе протекает 28 малых рек, общей протяженностью 350 км. Наиболее значимые из них – Немда, Юшут, Оришуть, Шойка, Лаж, Салтачка. Питание рек происходит за счет подземных и талых вод. Реки немноговодные, в летний период русла пересыхают. Основным источником водоснабжения являются подземные воды.

На территории района 177 источников нецентрализованного водоснабжения. Куженерский район можно назвать родниковым краем. История многих населенных пунктов связана с родниками: название, месторасположение, легенда возникновения. Например, названия деревень Илейсола, Ключ Илем, Куженер, Пукшалма, Каменная Гора, Визимбирь, хутор Студеный произошли от одноименных родников. Село Русские Шои находится у родника Кипун, деревня Черный Ключ – у ключа Черный, деревня Мари-Йошкаренер – у ключа Красный, деревня Русский-Йошкаренер – у ключа Илыш. Деревня Мари Олма расположена у Ильин ключа, к западу от деревни в овраге бьет 12 ключей.

Достопримечательностью района является родник Каменный на территории памятника природы «Каменная гора», комплекс родников «Детство», «У Вани», «Юность» в деревне Визимбирь, «Хрустальная ель», «Лисья гора» в поселке Куженер.