По району протекают реки:
Анзирка
Вонюшка
Вятка
Исток
Кама
Каринка (приток Тоймы)
Криуша
Куклюк
Старая Кама
Танайка
Тойма (приток Камы)
Умяк
Юраш
Юрашка (приток Адамки)
Юрашка (приток Тоймы)

Река Тойма
(прав. пр. р. Кама)
Длина реки 124 км (в пределах РТ 84 км).
Площадь водосбора: 1446 кв. км.
Местоположение: Елабужский, Менделеевский районы РТ. Исток в Можгинским районе Республики Удмуртия, устье у г. Елабуга РТ.
Характеристика объекта и его значение: ширина реки 5 - 40 м, глубина 0,5 - 2,0 м, скорость течения 0,3 - 0,5 м/с. Река Тойма принимает 35 притоков. Средний многолетний слой годового стока 146 мм. Слой стока половодья 120 мм. Расход межени в устье 1,5 куб. м/с. Река средней водности. Имеет хозяйственное значение.

Нижняя Кама
Площадь: 26254 га.
Местоположение: Елабужский и Тукаевский районы РТ.
Землепользователи: национальный парк "Нижняя Кама", ПСХК "Танайка", ПСХК "Елабужский", ПСХК "Волна Революции", ПСХК "Сентяк", ПСХК "40 лет Победы", ПСХК "Альметьево", ПСХК "8 Марта", Глава администрации г. Елабуга.
Характеристика объекта и его значение: первый национальный парк Республики Татарстан, где сохранились естественные лесные массивы - сосновые боры. Выявлено до 800 видов высших сосудистых растений, 6 видов амфибий, 5 видов рептилий, 12 видов млекопитающих. Из них в Красную книгу РТ занесены осока богемская, волчеягодник обыкновенный, кувшинка белая и др.; гребенчатый тритон, серая жаба, веретеница и обыкновенная гадюка, орлан-белохвост, беркут, скопа, черноголовый хохотун, рыжая вечерница и др.