Отличительной гидрологической особенностью Кулундинской степи является бессточность поверхностных вод. В западной и юго-западной части степи рек нет, зато имеются многочисленные озера. На территории Кулундинского района имеется 25 озер (большинство соленых). Крупнейшие из них: Джира (залежи гипса), Щекулдук, Улькенкуль, Жиланды, Горькие Кильты, Каракуль, Большое Шкло.

Все озера – это остатки древнего моря. Подавляющее большинство озер имеют площадь водного зеркала менее 10 кв. км. Глубина их обычно не превышает 2-3 м. В озерах имеются запасы минеральных солей, соды, мирабилита, что и придает лечебное свойство водам.

Поверхностные воды имеют очень изменчивую минерализацию. Преобладает сульфатное и хлоридное засоление. Бессточность озер обуслав¬ливает их повышенную чувствительность к изменению природно-климатических условий. С середины 60-х годов уменьшаются площади и объемы озерных вод.

Соленое озеро с казахским названием Щекулдук расположено в трех километрах от станции Кулунда. Вода и грязи в нем по своей целебности мало чем уступают знаменитому Большому Яровому озеру. На пляжном берегу озера оборудована зона отдыха. Озеро является не только любимым местом отдыха, но и используется для лечения опорно-двигательного аппарата, неврологических, дерматологических, терапевтических заболеваний.

Озеро Джира, расположенное в 38 километрах от райцентра Кулунда, имеет огромные залежи гипса. Его запасы составляют около 9 миллионов тонн. Этот гипс не содержит вредных примесей, не слеживается при хранении. В 60-е годы Министерство медицинской промышленности СССР начинало строить на берегу завод по добыче сырья. Но он так и не начал работать, позднее был законсервирован, затем разрушен.

Богата Кулундинская степь и подземными водами. Подземные воды преимущественно безнапорные, в отдельных случаях слабонапорные. Пополнение их осуществляется в основном атмосферными осадками. Грунтовые воды вблизи озер залегают на глубине 0,5-1,0 м. При движении в сторону водоразделов грунтовые воды опускаются до глубины 10-15 метров и более. Минерализация их увеличивается в направлении от водоразделов к озерам и понижениям с 1 до 3-5 и более г/л. Пресные воды гидрокарбонатные кальциевые. С повышением минерализации в их составе возрастает участие сульфатов.