По территории Смоленского района протекают реки: Обь, Катунь, Ануй, Песчаная, Каменка, Поперечка. Причем Обь здесь берет свое начало. Река Песчаная — первый крупный левый приток Оби. В горах на таежных склонах Чергинского хребта начинаются реки Белокуриха, Устауриха, Сычевка, Черновая. В их верховьях нет сел и не ведется никакой хозяйственной деятельности, поэтому вода чистая и прозрачная, даже весной во время таяния снега.
Имеется более 20 озёр и прудов, большой пруд на краю села Сычевка. Наиболее крупные озера: Комлево, Рогуличное, Захарово, Павлово.
Родники Смоленского района:Родник у реки Камышинка, у п. Кировский 52.263947, 84.917853
Степанычевы родники (Стеклянный ключ) южнее с. Смоленское. Источник питьевой воды для туристов и местного населения. Сейчас осталось только три из цепи источников занимающих берег реки Стеклянка 52.268736, 85.077104
Родник на реке Песчаная, в 8 км южнее с. Солоновка 51.939078, 84.627875
Родник «Малышев лог» у с. Солоновка 51.951146, 84.631164