На территории Солтонского района находится более двадцати рек, речушек, горных ручьёв и родников, есть озёра, болота. Наиболее крупные реки – Бия и Неня.

Река Бия – правая составляющая реки Обь – протекает в южной части района, длина её – 301 км. Бия – река горного характера, полноводная, с быстрым течением, вытекает из Телецкого озера, имеет перекаты. Вода чистая, холодная, слабоминерализованная, пригодная для питья и хозяйственных нужд. Ложе реки, берега, острова выложены валунами и гравием.

Второй по величине рекой в районе является Неня, правый приток Бии. Неня берет начало на юго-восточных склонах Салаирского кряжа. Длина реки около 185 км. Неня течёт в глубоком русле. Летом мелководна, с тихим течением. Весной течение бурное, вода мутная. Русло реки извилистое, ширина его 25-50 м, глубина не более трех метров. Дно покрыто рыхлыми отложениями, реже каменистое. Берега закустарены, иногда заболочены. За селом Карабинка левый берег реки покрыт черневой тайгой (пихта, лиственница), правый берег представляет собой голую степь. Вода в реке пригодна для питья и хозяйственных нужд.

Притоки Нени: Уруна, Черняй, Солтонка, Караган, Карабашка, Чулда, Каракол, Кубия, Излап и др.

Вдоль Нени, от устья реки Черняй до устья реки Сазы, узкой полосой расположился Ненинский заказник. Многие мелкие речушки имеют горный характер. Летом они мелководны, весной бурные и многоводные, вода их используется для хозяйственных нужд.

Реки Солтонского района:
Антроп (приток Кондомы)
Бия
Болотная (приток Уруны)
Бутурма
Излап
Кайвал
Карабашка (приток Нени)
Караган (приток Нени)
Каракол (приток Нени)
Кубия (верхний приток Нени)
Кубия (нижний приток Нени)
Малый Куют
Мунай (приток Черняя)
Неня
Саза (приток Антропа)
Сары-Чумыш
Соза (приток Нени)
Солтонка
Тала (приток Нени)
Ташта (приток Черняя)
Тоузак
Ульба (приток Антропа)
Уруна
Учурга
Ушлеп
Чебашиха
Черняй (приток Нени)
Чулда
Шаландайка
Шалап (приток Нени)

Грунтовые воды на территории района находятся, в зависимости от рельефа, на различной глубине. На положительных элементах рельефа грунтовые воды залегают на глубине 10 м, по нижним частям склонов и днищам логов, а также в долинах рек грунтовые воды залегают неглубоко. По заболоченным днищам логов и речным долинам грунтовые воды часто выходят на поверхность в виде родников. Все грунтовые воды на территории района пресные.

Родники Солтонского района:
Родник с. Березово 52.878236, 86.306398
Родник с. Карабинка 52.680143, 86.224903
Родник у с. Караган 52.791914, 86.410985
Святой источник иконы Божией Матери «Неупиваемая Чаша» у с. Ненинка
Родник «Шатобальский» с. Солтон
Родник у с. Старая Ажинка 52.650113, 86.405462