По территории Троицкого района протекают реки Большая Речка, Белая, Боровлянка, Ельцовка, Камышенка, Петровка, имеются озёра Уткуль, Петровское, Вершино.
На границе Троицкого и Зонального районов расположено удивительно красивое озеро Иткуль. Природа озера поражает воображение любого человека. Широкая водная гладь – такая спокойная и прозрачная, что кажется сотканной из чистого, свежего воздуха, окружена с одной стороны сосновым бором, с другой – березовой рощей. Озеро расположено на древней надпойменной террасе правого берега Оби, на высоте 216, 4 м. Оно пресное, проточное, в него впадает река Буланиха, вытекает река Иткуль. Длина озера 10,8 км, ширина 1,5 км, средняя глубина 3,4 м, наибольшая – 10,5 м. В нем водятся плотва, окунь, лещ, щука, сазан, линь, карась, зеркальный карп. Показателем чистоты озера является тот факт, что в нем живут и размножаются раки.
Родники Троицкого района:Святой источник «Никольский ключ» у с. Загайново
Родник на окраине с. Петровка