Водные ресурсы Борзинского района представлены реками и озерами. Реки относятся к бассейну р. Амур. На территории находятся верхнее и нижнее течение р. Борзя – притока р. Онон, верховья р. Газимур и Урулюнгуй, а часть границы района проходит по р. Аргунь, мелких рек мало.

Основные реки: Борзя и Ульдза. Малые реки: Ачикан, Олдонда, Шоноктуй, Курунзулай и др.

В бассейне р. Борзя встречаются небольшие озера, разнообразные по химическому составу, от самосадочных горько-соленых до глубоких пресных озер карстового происхождения. Курунзулай Торейская озерная система, это самые большие озера в Забайкальском крае: Зун-Торей и Барун-Торей, частично находятся на территории района. Также известно озеро Хара-Нор.

Озеро Борзинское, памятник природы (Решение Чит. облисполкома № 353 от 14.7.1983), месторождение самосадочной соли. Относится к Борзинской группе соляных озер. Находится в 24 км к юго-зап. от г. Борзя, в замкнутой котловине, заполненной постплиоценовыми песчано-глинистыми отложениями. В его окрест. растут лук многокорневой — редкое растение, занесенное в Красную книгу Чит. обл. и Агинск. Бур. авт. окр., ирис гладкий, осоки и др. Озеро имеет вид эллипса и напоминает плоское белое блюдце. Очертания берегов плавные. Глубина непостоянна. В 1848 она достигала 4 м, в засушливые периоды менее 7—6 см. Обычно составляет 8—10 см. Площадь 120 га. Под слоем донного ила залегает пласт мирабилита мощностью 1м; на глубине 1,5 м встречена многолетняя мерзлота. Замерзает Б. о. в янв. при крепости рассола 8—10° Be. В кон. февр. — нач. марта лед начинает трескаться. В апр. озеро полностью освобождается от ледяного щита. Питание водоема дождевое. В засушливые периоды озеро наполовину высыхает и на дне образуется мирабилитовая корка, называемая черепом. Поверх него осаждается поваренная соль. Садка мирабилита происходит ежегодно. Поваренная соль может не садиться по несколько лет подряд. В воде озера преобладают ионы Na, Cl, SO4. В XVIII—XIX вв. на озере существовал соляной промысел, объем добычи составлял 45—100 609 пудов.

Родники, источники Борзинского района:
Родник Эке-Булаг падь Эке-Булаг у сел Цаган-Олуй и Ключевское 50.389806, 117.051111
Родник Сальтиту падь Эке-Булаг у сел Цаган-Олуй и Ключевское 50.3805 117.0352

Лит.: Паршин Н. Борзинское соляное оз. и Чиндантский караул // Ирк. губернские ведомости. — 1866; Герасимов А. П. Краткое описание Борзинского соляного самосадочного оз. // Изв. ВСОРГО. — 1898. — Т. 29, № 2; Франк-Каменецкий А. Г. Гуджирные озера Вост. Сиб. — Иркутск, 1934; Минеральные воды юж. части Вост. Сиб. — М.; Л., 1961. — Т.