Речная сеть Шилкинского района относится к Амурскому бассейну, главной рекой является Шилка. По территории протекают реки Ингода, Онон и др.

Подземные воды Шилкинского района:
Игодинское месторождение подземных вод
Минеральный источник Шивандинского месторождения 51.746692 115.578472
Источник «Шиванда» с. Шиванда
Родник у озера Шивандакан у с. Шиванда 51.753523, 115.606823
Родник Ключ Арембулак 51.333333 115.916667