На территории Соболевского района протекают такие, сравнительно крупные реки, как Ича, Облуковина, Крутогорова, Колпакова, Большая Воровская, Коль. На западе район омывается Охотским морем, на севере ограничивается бассейном р. Ичи, на юге – р. Кихчик.

Реки Соболевского района:
Большая Воровская
Брюмка
Ича (впадает в Охотское море)
Кенашка
Кехта (впадает в Охотское море)
Колпакова
Коль (впадает в Охотское море)
Конон
Крутогорова
Кунжик
Кшук
Мысовая (впадает в Охотское море)
Облуковина
Первая (впадает в Охотское море)
Пымта
Скудой
Тежмач
Тридцатая (впадает в Охотское море)
Удова
Унушка

Озера Соболевского района:
Двойное
Каповое (Подсопочное)
Круглое
Лесное
Луговое
Сапожок
Треугольное