Свыше 50% территории Приморско-Ахтарского района занимают лиманы, озера, плавни, болота, ерики. Кроме Бейсугского, крупные лиманы это Ахтарский, Больший и Малый Кирпильские, Рясный, Красный, Дончиков, Пригибский и другие. Из озер наиболее крупные Ахтарские Соленые озера: Комковатое, Скелеватое, Головное.

По количеству солей эти водоемы относят к солоноватым. Вода сильно минерализована, соленость воды различна и непостоянна (общая соленость в среднем 11-12‰ Она зависит от стока поверхностных вод, осадков и связи с морем.

До 1896 года в таких озерах как Скелеватое, Комковатое, Головное, Кривое благодаря большому испарению и небольшим глубинам добывалась соль, которой снабжались жители не только Екатеринодарской губернии, но и другие губернии России.

Соленые озера находятся недалеко от города и являются зоной отдыха туристических групп. Многие жители Приморско-Ахтарского района знают о целебных свойствах грязей, добываемых с озерного дна, насыщенных солями и минералами.

Приморско-Ахтарская система озёр представляет собой систему озер различной площади и конфигурации, большая часть которых — солёные. Водоёмы угодья образуют северо-восточную часть Ахтарско-Гривенской системы лиманов.

На базе лиманов (Комковатого, Скелеватого, Соленого, Чумяного) и Ахтарских солёных озёр было создано нерестово-вырастное хозяйство по воспроизводству судака и тарани. Глубина водоёмов варьирует в пределах от 0,2 до 1,5-2 м. По гидрохимическому составу вод озера угодья относятся к водоёмам сульфатного класса с минерализацией 1-3 г/л и выше (Богучарсков, Иванов, 1979). Почвенный покров достаточно разнообразен. Здесь распространены аллювиальные лугово-болотные, аллювиальные болотные перегнойно-глеевые, аллювиальные болотные иловато-торфяные почвы. Широко распространены солончаки и солонцы (Соляник, 2004).

По температурному режиму климат угодья является умеренно тёплым. Также для климата описываемого района характерны умеренная континентальность, мягкость зимы и значительная продолжительность вегетационного периода. Среднегодовая температура составляет 10,3°С, годовая амплитуда температуры 26,9°С. Продолжительность безморозного периода колеблется от 171 до 234 дней, в среднем 210. Вегетационный период составляет 276 дней. На территории угодья выпадает 515 мм осадков. Влажность воздуха в течение года изменяется в пределах от 60 до 86 %, в среднем 71 %.

Одним из богатств Приморско-Ахтарского района является наличие запасов разведанных, но не используемых 17 скважин минеральных йодобромных вод и лечебные сероводородные грязи, действует 8 грязевых вулканов, есть источники термальных вод.