Город расположен на берегах небольших рек Кантат и Байкал (в правобережной части бассейна реки Енисей)

Родники, источники г. Железногорск:
Источник (скважина) у п. Додоново 56.262165, 93.442516
Родник «Серебряный ключ» за КПП-3 г. Железногорск
Родник п. Подгорный