Шушенский район находится в бассейне реки Енисей, который является его главной водной артерией. В пределах Западного Саяна русло Енисея сжато и относительно прямолинейно. При выходе из Саянского каньона оно разбивается на большое число проток, извивающихся на широкой пойме, и образует множество островов. Глубина реки здесь достигает 10 метров, а скорость течения до 2,5 метров в секунду. Главными притоками Енисея в пределах района являются реки Кантегир, Пашкино, Березовая, Абдыр, Голованская Сосновка, Таловка, Пойлово, Большой Кашкарет, Большой Карбай, Аксояк, Ататах. Большинство горных рек берут свое начало в Западном Саяне.

Река Кантегир (левый приток реки Енисей) впадает в Саяно-Шушенское водохранилище. Используется для организации рыболовных туров и сплавов. В реке водятся хариус, таймень, ленок, сибирская плотва, окунь, щука. Река порожистая шириной от 50 до 120 метров, глубиной от 0,8 до 1,5 метров. Берега покрыты смешанным лесом.

На равнинной части территории района протекает более 30 мелких рек, имеющих медленное течение. Наиболее крупная – река Шушь состоит из горно-таежной части (Большая Шушь – 30 километров) и равнинной (Малая Шушь – 22 километра). Она является водоемом второго порядка и взята в 1984 году под охрану как памятник природы краевого значения. Имеет рекреационное и историческое значение.

В пределах района протекает река Оя (ширина реки 86 метров, максимальная глубина 1,7 метр). Она используется местными жителями в качестве рекреационного объекта для отдыха, купания и рыбалки.

На территории района располагается шесть прудов: Ермолаевский (площадь 24 гектара, средняя глубина 3 метра), Синеборский 1 (площадь 63 гектара, средняя глубина 2-3 метра), Синеборский 2 (площадь 30 гектаров, глубина до 2,5 метра), Субботинский (площадь 90 гектаров, глубина до 4,5 метров), Лыткинский (площадь 18 гектаров, глубина до 4 метров), Иджинский (площадь 27 гектаров, глубина 1,5 метров). Местные жители используют данные водоемы для купания и отдыха в летнее время.

Родники, источники Шушенского района:
Иванов ключ, ручей имени Ивана Ярыгина д. Голубая
Андреевский родник д. Голубая 52.978893, 91.511407