Водные ресурсы Енисейского района представлены поверхностными - реками, ручьями, озерами и подземными водами. Водные ресурсы: реки – 22 879 км, озера – 60,3 кв.км. Запасы подземных вод – 18 тыс. куб.м.

По территории района протекает одна из самых полноводных рек мира Енисей. Только на территории Енисейского района в него впадает порядка 70 мелких речушек и несколько крупных и средних рек.

Река Большой Пит протекает по центральным районам Красноярского края. Ее нижнее течение и устье находится в Енисейском районе. Большой Пит является правым притоком Енисея. Длина водоема – 415 км. Дно реки на многих участках галечное и песчаное. Вода в реке чистая и очень прозрачная. В Большой Пит впадают 47 рек и крупных ручьев, имеющих названия, и десятки безымянных ручьев и родников. На реке почти нет населения и загрязняющего реку производства.

Река Сым является левым притоком реки Енисей. Отличается большой извилистостью и принимает более 52 малых рек, притоки, на реке расположены два населенных пункта — с. Сым и п. Майское. На реку Сым можно добраться на вертолете, или по реке подняться на лодке из Енисея.

Река Кас (которую в государственном водном реестре также называют Большой Кас) является левым притоком Енисея. В Кас впадают 28 рек и множество таежных ручьев и родников. Водоем питают воды многочисленных болот, которые переполняются в период таяния снегов и во время летних дождей. В конце 19 века верховья Каса были соединены с рекой Кеть судоходным Обь-Енисейским каналом. Канал существует и сейчас, но не используется для прохода судов. Местные рыбаки поднимаются по Касу на лодках из Енисея. Вдоль всего русла реки пролегает проселочная дорога. На настоящий момент на побережье Каса жилыми являются села Александровский Шлюз, Касово и Новый Городок.

Река Кеть большая и протяженная сибирская. Она берет начало на юге Енисейского района, в Красноярском крае, на небольшой возвышенности, которая представляет собой водораздел между бассейнами Енисея и Оби. От истока до села Маковское Кеть течет на северо-запад, затем ее направление меняется на западное. У села Ворожейка направление течения вновь меняется на северо-западное. В Кеть впадают десятки небольших рек, таежные ручьи. Во время весенних и летних половодий реку питают воды болот.

Река Кемь небольшая, протекающая по центральным районам Красноярского края. В Кемь впадают малые реки: Северная, Огневка, Караульная, Талажанка, Шадринка, Чалбышева, Тыя, Малая Белая, Бобровка, Песчанка. Благодаря притокам Кемь из мелкого ручейка быстро превращается в полноводную реку. На территории Енисейского района Кемь впадает в Енисей. Здесь на реке стоят населенные пункты: д. Верхнекамское, д. Масленниково, д. Малобелая, с. Плотбище и с. Озерное.

Озеро Светленькое названо благодаря своей кристально чистой воде. Озеро 800 м в длину и 300 м в ширину. Водоем неглубокий около 4 м. Памятник природы, который образован в 1993 году в целях сохранения уникального природного объекта озера Светленькое. Близость гор и слабая проточность озера способствует накоплению сапропелевых отложений, иначе говоря органического ила, образующегося за за счет остатков живущих в воде растений и животных. Площадь 1240 га.

Монастырское озеро. Памятник природы образован в 2007 г. в целях сохранения уникального природного комплекса, сочетающего лечебное озеро с поддержанием оптимальных условий для рекреации. Площадь 578 га.

Подземные воды (пресные).
Месторождение расположено на юго-восточной границе Енисейского района, в приустьевой части р. Ангары, близ поселка Стрелка. АО «Красноярскгеология» проведены поиски перспективного участка для водоснабжения поселка (лицензия КРР 00849 ВП) Выявлен участок с предварительно оценёнными запасами пресных подземных вод в количестве 1,5 тыс.м3 /сут.

Родники, источники Енисейского района:
Святой источник в ските Новомучеников Российских на Монастырском озере