Балахтинский район расположен по обеим сторонам Красноярского водохранилища. По территории района протекают реки Чулым, Езагаш, Жура, Сыр, Кызылка, Бюза и др.

Территория района расположена в пределах Алтая-Саянской гидрологической складчатой области. Водоносный комплекс приурочен к отложениям поймы и надпойменных террас рек Енисея, Чулыма и притоков – р.р. Жура, Тойлук, Сыры, Сисим.

Водоносные отложения – гравийно-галечные, суглинки и глины. Глубина залеганий грунтовых вод колеблется от нескольких сантиметров до 1-2,5 м.

Питание поверхностных вод осуществляется за счет атмосферных осадков и речных вод в периоды паводков, также за счет перетекания смежных и нижележащих водоносных горизонтов. Разгрузка осуществляется через речные долины. Практического значения для централизованного водоснабжения не имеют, используются только мелкими потребителями.

На территории Балахтинского района выявлено и обследовано 188 водозаборов подземных вод, из них 5 действующих, 18 законсервированных, 15 брошенных, рекомендованных на консервацию. Из общего количества обследованных водозаборов 16 - групповые, остальные одиночные. В число одиночных входят 4 водозабора, представляющие собой каптированные родники.

Большинство водозаборов сосредоточено в населенных пунктах. Водоснабжение посёлка Балахта производится за счёт подземных вод. При их обследовании выявлены концентрации фтора в подземных водах до 5 и более при норме 1.5 мг/ куб. дм. На водозаборах деревень: Виленка, Ключи, Трясучая, Курбатово, Огур и в Балахте отмечено повышенное содержание бора и железа. Состав и качество воды контролируется службой СЭС, но не регулярно. Все свалки и даже скотомогильник в посёлке расположены над уровнем рек и поэтому в период половодья часть мусора оказывается в реках. Естественно всё это усугубляет и без того сложную экологическую ситуацию.

Как показали исследования, вода в реках пригодна только для технических нужд, исследуемые образцы воды из рек, впадающих в р. Чулым, содержат нитрат-, гидрокарбонат-, хлорид- , сульфат-ионы, а также ионы натрия, кальция и магния. Концентрация жесткости воды в пределах нормы.

В Балахтинском районе имеются минеральные подземные воды, это Кожановское месторождение минеральных углекислых питьевых лечебно-столовых вод. Кожановская вода отнесена к типу даурской и занесена в перечень минеральных вод. Месторождение известно еще в XIX в. месторождение эксплуатируется санаторием «Красноярское Загорье», где лечат заболевания сердечно-сосудистой системы, желудочно-кишечного тракта, эндокринной системы, астенические неврозы. Производится розлив минеральной воды и ее реализация населению Красноярского края.

Также в районе разведано два месторождения пресных подземных вод: Балахтинское для водоснабжения п. Балахта и Крюковское для водоснабжения санатория «Красноярское Загорье». Воды порово-пластовые, в основном безнапорные.

Родники приурочены к зонам разломов. Воды родников пресные, с минерализацией до 0,3 г/дм. куб, гидрокарбонатные кальциевые и натриевые. В Балахтинском районе данные воды не используются.

Родники, источники Балахтинского района:
Родник за микрорайоном "Молодёжный" г. Балахта
Родник д. Красный Ключ
Родник с. Ровное