По территории Козульского района протекают малые реки Большой и Малый Кемчуг, Белая, Чулым, Большая Черная, Большой Катух, Балахтонка, Аммала, Березовка, Никишкина. Главные реки - Большой Кемчуг и Чулым, имеющие многочисленные притоки.
На территории района имеется множество рек и ручьев разного порядка. Реки Чулым, Большой и Малый Кемчуг, Кытат, Суразовка, Никишкина и др. является водными объектами высшей категории рыбохозяйственного водопользования. Здесь проходят миграционные пути рыб к местам нереста, нагула и зимовки. Расположены основные районы нерестилищ ценных (хариуса, ленка) и других промысловых видов рыб, а также места массового нагула их молоди. В весенне-летний период (по большой воде) в массе нагуливается молодь ценных и других промысловых рыб. Состав ихтиофауны представлен видами различной промысловой ценности. Всего на территории обитает 21 вид рыб, это представители 6 отрядов, включающих 10 семейств.
К ценным и высокоценным промысловым видам рыб относятся: таймень, ленок, хариус, лещ, щука, налим, язь.
К малоценным и непромысловым: плотва, елец, карась серебряный, карась золотой, окунь, ёрш, пескарь, гольян, подкаменщики, голец сибирский, щиповка.
В малых водотоках (ручьи длиной менее 25 км) обитают: подкаменщики, пескарь, голец сибирский - усач, гольян, щиповка.