В состав водных ресурсов территории района входят поверхностные водные объекты - естественные и искусственные водоемы, болота и ледники (Аргиджек), а также подземные воды естественных гидрогеологических резервуаров.

На территории района протекает около 90 рек. Большую часть составляют водотоки длиной до 10 км. Самая крупная река района – Мана, она формируется в высокогорных Саянах, течет в основном в северо-западном направлении и впадает в Енисей между Дивногорском и Красноярском. Кроме Маны, в районе много маленьких рек, образующих поверхностные водные артерии – это Крол, Кияй, Унгут, Жержул, Есауловка и другие, а также родников экологически чистой воды, опресненных атмосферными осадками и не содержащих вредных примесей.

Территория района богата озерами и искусственными водоемами, к которым отнесены пруды различного назначения площадью зеркала 0,3-0,7 кв.км. Болота района изучены недостаточно, ледники не играют заметной роли.

Река Мана
Река Мана - горная река, правый приток Енисея, берет начало из живописного горного озера Манского или Сорог (Сорок) (1400 м над уровнем моря) в северо-западной части горного массива Восточного Саяна - на Манском белогорье. На расстоянии около 12 км от истока участок реки длиной 800-1000 м протекает под землей. Впадает (устье) в Енисей в 30 км выше по течению от Красноярска.

Длина р. Маны составляет 475 км, площадь водосборного бассейна 9320 км2, скорость течения 7-8 км/час - в верховьях, до 4 км/час - в низовьях реки. Падение от истоков до устья выражается в 1282 м. Средний уклон русла до поселка Нарва – 4,2 м/км, ниже – 1 м/км. Средний расход воды в нижнем течении летом – 150 м3/сек. Долина глубоко врезана. Вершины, отстоящие от берега на 300-800 м, достигают высоты 500-620 м над уровнем моря. В ряде мест утесы обрываются отвесно в реку. Пойма разработана слабо. Ширина поймы доходит до 200 м, редко до 300 м. Мана принимает более 300 крупных и мелких притоков, крупнейшие из них: Мина, Колба, Крол.

Мана (в верхнем течении Правая Мана) — река в Красноярском крае России, правый приток Енисея, протекает через Манское Белогорье в северных отрогах Восточного Саяна. Берет свое начало в Верхманском озере (стык Манского, Кутурчинского и Канского белогорья). На расстоянии около 12 км от истока участок реки длиной 800 -1000 м протекает под землей.

В верховьях реки пороги, в низовьях река судоходна. Является сплавной рекой (до 1986 г. по Мане велся молевой сплав леса). В 30-ых 40-ых годах XX века, а затем в 2000—2003 г. в верховьях (Юльевский прииск) велась промышленная добыча золота.

На расстоянии 40-20 км от устья правый берег Маны является естественной границей заповедника «Столбы».

Населенные пункты вдоль течения (по порядку с верховьев до устья): Выезжий Лог, Кой, Кожелак, Голубевка, Нарва, Большой Унгут, Малый Унгут, Жержул, Урман, Береть, Усть-Мана.

Основные притоки (по порядку с верховьев до устья): Дизо, Б.Арзыбей, М.Арзыбей, Мина, Крол, Колба, Б.Унгут, М.Унгут, Жержул, М.Кершул, Б.Кершул, Урман, Береть.

Растительность (виды деревьев и кустарников): Сосна сибирская (кедр), Сосна обыкновенная, Ель, Пихта, Лиственница, Береза, Осина, Рябина, Черемуха, Ива и др.

Рыба: Стерлядь (ед.), Таймень, Ленок, Хариус, Щука, Окунь, Налим, Елец, Сорога, Ёрш, Пескарь, Вьюн, Пресноводный бычок, Гольян.

Видовой состав животного и растительного мира верховьев Маны соответствует характеристикам Восточного и Западного Саяна.

На Мане велись съемки художественного фильма «Хозяин тайги» (в районе п. Выезжий Лог) и нескольких эпизодов «Сибирского цирюльника». Излюбленное место отдыха красноярцев. Очень популярен сплав по реке от п. Береть до п. Усть-Мана. Прохождение всего маршрута занимает 2 — 2,5 дня. Кроме этого, представляют интерес для любителей экстремального сплава т. н. верхманские пороги (III—V категории сложности в зависимости от уровня воды).

Река Есауловка
Лесостепная река, берет начало в северных отрогах Восточного Саяна, впадает справа в р. Енисей в 20 км ниже Красноярска. Длина реки 137 км, площадь водосбора 1500 км ², средний расход воды 5 м³/с.

Схемой территориального планирования Красноярского края, согласно принятых критериев обеспеченности территории общими потенциальными ресурсами поверхностных вод с учётом стока транзитных рек Манский район относится к плохо обеспеченному поверхностными водами району.

Подземные воды территории района подразделяются на пресные (питьевого качества), минеральные (лечебно- питьевые), промышленного и сельскохозяйственного назначения. Широкое применение к настоящему времени нашли в районе не только пресные воды.

Родники, источники Манского района:
Святой источник «Крестовоздвиженский» у д. Кускун
Святой источник иконы Божией Матери «Живоносный источник» д. Новоалексеевка
Родник у д. Сергеевка 55.929444, 93.806111