Главной водной артерией района является река Ангара с её многочисленными притоками. Это реки Тасеева, Татарка, Погромная, Петрищева, Большая Мурожная, Малая Мурожная, Чёрная, Рыбная.

Озёра на территории района не многочисленны, небольших размеров, старичного происхождения.