На территории Томской области насчитывается 131 023 водных объекта, в том числе:
- 18100 рек общей протяженностью 95 тыс. км;
- 12900 озер суммарной площадью 4451 км2;
- 6 водохранилищ суммарным объемом 21,198 млн. м3;
- 23 водохранилища и пруда, поднадзорные Главному управлению природных ресурсов и охраны окружающей среды Министерства природных ресурсов РФ по Томской области, суммарным объемом 7,6 млн. м3;
- водно-болотные угодья площадь более 80 тыс. км2.

По территории области протекает восемь судоходных рек: Обь, Томь, Чулым, Кеть, Тым, Чая, Парабель, Васюган. В верхнем участке Оби располагаются нерестилища осетровых рыб.

Томь
Томь — красивейшая река области. Берет начало на западных склонах Абаканского хребта, впадает в Обь в 65 км ниже Томска. Общая длина Томи 839 км, из них около 120 приходится на нашу область. В верховьях Томь — горная река. Течёт она в узкой долине. Большие уклоны реки определяют и большие скорости течения, интенсивную глубинную эрозию.

С выходом на Западно-Сибирскую равнину Томь становится равнинной многоводной рекой, но русло ее изобилует перекатами даже в нижнем течении. В районе Томска среднегодовой расход равен 1090 м3/с. Здесь река транспортирует и откладывает в русле гальку, гравий, песок, глину. Для режима Томи свойственно не только высокое весеннее половодье, связанное с таянием снега, но и резкие подъемы уровня в периоды выпадения обильных дождей в горах. Это случается и летом, и осенью. Подъем воды весеннего половодья на Томи нередко усиливается затором льда. В 1947 г. у Томска такой подъем достиг 11 м. За режимом рек нашей области ведутся тщательные наблюдения на специальных гидрологических постах.

Подземные воды
Большие ресурсы пресных подземных вод Западно-Сибирского артезианского бассейна фундамента - главный источник хозяйственно-питьевого водоснабжения. Для обеспечения населения Томской области питьевой водой используются подземные воды. Общее количество прогнозных эксплуатационных ресурсов подземных вод по Томской области составляет 38,7 млн. м3/сут, из них надёжно защищённых - 31,6 млн. м3/сут, при общей потребности населения в питьевой воде 0,33 млн. м3/сут. Степень разведанности ресурсов подземных вод невысокая. Найдено множество месторождений артезианской питьевой воды, термальных и лекарственных вод. На территории Томской области разведано 31 месторождения пресных подземных вод и 3 - минеральных.

Общая сумма оцененных эксплуатационных запасов подземных вод по категориям А+В+С1 составляет 1028,59 тыс.м3/сут, из них 965,47 тыс.м3/сут утверждены в ГКЗ или ТКЗ, а 62,92 тыс.м3/сут приняты к сведению НТС.

Из 29 разведанных месторождений пресных подземных вод эксплуатируются только 15. Наибольшее число разведанных месторождений (19) приходится на палеогеновый водоносный комплекс, широко используемый для водоснабжения в Томской области. На юге области основным источником водоснабжения являются воды зоны трещиноватости палеозойских образований. Воды неоген-четвертичных отложений используются редко и преимущественно для водоснабжения в сельской местности.

Несмотря на то, что потребность в хозяйственно-питьевой воде почти всех районных центров области обеспечена эксплуатационными запасами, в 9 из 16 районов они не освоены и водоснабжение населения осуществляется из одиночных водозаборных скважин, работающих на неутвержденных запасах.

Водоотбор подземных вод по состоянию на 01.01.2002 г. составил 397,81 тыс. м3/сут (0,99 % оцененных прогнозных ресурсов). Большая часть добываемой подземной воды - 57 % расходуется на хозяйственно-питьевые нужды населения, 18 % - на производственно-технические, главным образом, для поддержания пластового давления при добыче нефти (для этой цели используются воды нижнемеловых отложений покурской свиты), 25 % составляют потери.

Доля подземных вод в балансе хозяйственно-питьевого водоснабжения административных районов составляет 90-92%, причем поверхностные воды используются только в Томском и Асиновском районах, главным образом, для горячего водоснабжения и технических целей.

Ежегодно в экономике области используется 3-3,5 км3 воды, из которых 0,6-0,7 км3 забирается из природных источников, а остальной объем за счет оборотных систем повторного использования. Свежая вода расходуется на производственные нужды (84%), хозяйственно-питьевые (13%), сельскохозяйственное водоснабжение, включая орошение, (1%).

Основная часть общего потребления воды осуществляется из поверхностных источников на нужды промышленности, особенно предприятий химической и нефтехимических отраслей, причем максимальная нагрузка лежит на р. Томь и связана с техническим водоснабжением ФГУП "Сибирский химический комбинат".

Минеральные воды
На территории Томской области имеются большие запасы минеральных вод, принадлежащих к водоносным комплексам одного из крупнейших в мире Западно-Сибирского артезианского бассейна. Минеральные воды глубинного происхождения с водой разной степени минерализации. Имеются минеральные воды — бромные, йодные, сероводородные выявленные при бурении скважин на нефть. В глубоких горизонтах бассейна они являются термальными. Наконец, вблизи Томска обнаружены источ­ники радоновых вод. Ценность вод для человека обусловлена главным образом действием растворенных в воде солей и активных микроэлементов.

Обнаружены термальные воды (от +43°) с содержанием брома (до 120 мг/л), йода (до 30 мг/л), кремниевой кислоты (22-50 мг/л) и минерализацией до 50-80 г/л.

Йодо-бромные воды распространены в Колпашевском, Парабельском, Александровском, Тегульдетском, Верхнекетском районах. Широко распространены минеральные воды гидрокарбонатного класса со средней минерализацией. Ново-Васюганское месторождение минеральных вод — источники йодобромных хлоридных натриевых вод наружного применения, относится также к Западно-Сибирскому артезианскому бассейну. Йодобромные воды способствуют тренировке сердечной мышцы, улучшают тонус вен, стимулируют венозный кровоток. За счет усиления кровообращения активизируется жировой обмен при нарушении обменных процессов и способствует улучшению психо-эмоционального статуса человека. Йодобромные ванны влияют на функциональное состояние различных отделов нервной системы, благоприятно воздействуют на функции желез внутренней секреции, нормализуют повышенную функцию щитовидной железы, улучшают функции половых желез, как у мужчин, так и у женщин, стимулируя деятельность коры надпочечников. Они оказывают болеутоляющее действие, способствуют улучшению кровообращения, нормализации функций центральной нервной системы, щитовидной и других эндокринных желез, обмена веществ. Минеральные воды Ново-Васюганского месторождения используются в санаториях Томской области.

Широко распространены минеральные воды гидрокарбонатного класса со средней минерализацией. Большой известностью пользуются минеральные источники в Томском районе (село Заварзино), относящиеся к маломинерализованным щелочноземельным водам. Основным лечебным фактором является растворенный в воде радон и многие другие элементы, дающие положительный терапевтический эффект при многих заболеваниях.

Богатейшие источники азотно-метановой хлоридно-натриевой слабосульфидной термальной минеральной воды имеются в Колпашевском районе и в г. Колпашево, источники хлоридно-натриевой йодо-бромной термальной воды в Александровском районе, хлоридно-гидрокарбонатно-натриевой бромной воды в г. Стрежевом.

Для добычи глубинной минеральной воды, как правило, необходимы скважины. Исключением являются произвольно истекающие источники, известные как Таловские, Сухореченские, Берёзовские чаши, Тугояковские чаши.

Родники, скважины, геотермальные и минеральные источники:
«Александровский» родник с. Александровское
Родник «Золотой» у д. Аркашево
Родник «Серебряный» у д. Аркашево
Родник п. Басандайка
Родник у туристической базы, на окраине с. Батурино
Геотермальный источник, скважина (1Р) п. Белый Яр
Родник у с. Берлинка
Родник «Звездный ключ» («Дызвездный ключ») Ларинский заказник у с. Вершинино
«Таловские Чаши» у с. Вершинино
Родник «Капитоновский» («Капитоновка») у с. Вершинино
«Лебединый» родник д. Гарь
«Берёзовские чаши» у железнодорожного разъезда 26 км
Родники на правом берегу р. Юби, на территории памятника природы «Киреевский Яр», в основании обнажений, на южной окраине с. Киреевска
«Радоновый ключ» п. Ключи 56.40252, 85.03008
Родник «Аннушкин» у дома отдыха в п. Ключи
Термальный источник урочище Малиновка
Родник д. Малое Протопопово, на левом притоке реки Ушайка 56.427071, 85.155939
Родник с. Новониколаевка
Геотермальный источник, скважина, урочище Чистый Яр у с. Парабель
Родник «Серебряный» д. Писарево 56.397500, 85.021450
«Сухореченские чаши» между с. Сухоречье и п. Смена
Термальный источник, скважина в окрестностях с. Тегульдет
Родник с. Шиняево
Минеральный источник скважина (5Р) у с. Чажемто
Скважины (6Р, 8Р, 2-Ч, Ч1) с минеральной водой санаторий «Чажемто» с. Чажемто, вода скважины Ч1 относится к слабощелочной среднеминерализованной группе с содержанием биологически активных компонентов: бром, йод, метакремниевая и ортоборная кислоты, сероводород. На территории санатория есть колонка с минеральной водой (доступ свободный)
Родник у с. Цыганово 56.864196, 86.433133
Родник «Больше-Жировский» у с. Ягодное, у реки Латат, у трассы Томск — Асино, на повороте на Больше-Жирово
«Маршанциевый ключ» у села Яр