Поверхностные воды
Водными поверхностными объектами в районе занято 11,5 тыс. га (1,6% от водных объектов на территории области), в том числе водный фонд составляет 3,8 тыс. га.

Самой крупной рекой протекающей по территории муниципального образования является р. Обь, участок длиной 35 км, расположенный в восточной части района. Ширина Оби на данном участке - 1000 м , глубина - около 5 м , скорость течения - 0,9-1,0 м/сек. Остальные реки являются притоками р. Оби разного порядка.

Самым крупным притоком р. Оби в пределах района является р. Чая длиной 194 км , 110 из которых проходят по территории района. Большая часть остальных рек имеет длину до 10 км .

Реки отличаются большой извилистостью, малым падением, незначительным уклоном, медленным течением. Большинство рек берет начало из болот. Питание рек смешанное, основными источниками являются снеговые, грунтовые и дождевые воды. Для рек района характерно неравномерное внутригодовое распределение стока, что вызывает сильное наводнение во время весеннего паводка. Максимальный месячный сток происходит в мае (30-60% годового стока) и в июне (20-30%), а минимальный - в марте (около 3%).

Реки
Бакчар (река)
Большая Суготка
Большой Пензер
Бундюр
Верхняя Мельничная
Восточная Муза
Гороховка (приток Нюрсы)
Добрушка
Икса (приток Чаи)
Кальджа (приток Оби)
Касорга
Кванцо
Корта
Кузур
Кулега 2-я
Майга
Малая Корта
Малая Нюрса
Малая Суготка
Малая Тига
Массуга
Мельничная (приток Нюрсы)
Муза (приток Иксы)
Ника (река)
Нюрса
Нярга (приток Тои)
Парбиг
Пиза (приток Бакчара)
Пиза (приток Иксы)
Поскоевка
Савватеевка (приток Нюрсы)
Сондровка
Табуга
Терсон
Тига (приток Бакчара)
Тоя (приток Чаи)
Фроловка (приток Тиги)
Чая (приток Оби)
Чемондаевка
Ягодная (приток Оби)

Озера на территории района расположены в основном в пойме р. Оби. Всего в районе находится более 360 озер общей площадью 2,6 тыс. км 2.

Подземные воды
На территории района сосредоточено 730,9 тыс. м 3 /сутки прогнозных эксплуатационных ресурсов подземных вод, что составляет 1,9% ресурсов области. Модуль прогнозных ресурсов - 1,2 л/с*км 2 . Утвержденные эксплуатационные запасы подземных вод по данным за 2005 год составляют 22,5 тыс. м 3 /сутки.

На территории района находится одно разведанное месторождение пресных подземных вод "Подгоренское" (в 0,5 км на юго-восток от села), его утвержденные запасы (А+В+С) составляют 22,5 тыс. м 3 /сутки. Запасы утверждены в 1987 году, но месторождение не эксплуатируется.

Водоотбор подземных вод на территории района в 2005 году составил 0,57 тыс. м 3 /сутки, удельное водопотребление подземных вод - 42 л/сути на человека (в среднем по области - 75,8 л/сутки на человека). В балансе хозяйственного водоснабжения доля подземных вод занимает 100%.