Водные ресурсы Красночикойского района представлены крупными реками - Чикой и Менза с многочисленными притоками и озерами, принадлежащие бассейну озера Байкал.

Благодаря горному рельефу территория района является местом зарождение рек, они несут свои воды в р. Чикой, которая впадает в р. Селенга Байкальского бассейна и имеет в среднем и нижнем течении западное направление.

Течение рек сравнительно быстрое в верховьях, в средней и нижней части — сравнительно медленное. Питаются все реки главным образом дождевыми водами. На втором месте — талые снеговые воды, подземные воды имеют малое значение.

Подъем уровня воды в реках происходит летом в период дождей, резкое обмеление — в период ледостава. В период летних дождей наблюдаются паводки, самые большие в бассейне р. Чикой наблюдались в 1936 году, когда полностью было затоплено с. Жиндо.

Весеннего ледохода на малых реках не бывает, наблюдается на крупных таежных реках — Мензе и Чикое.

В осенний период на реках возникает забереги и рыхлый водяной лед, смерзаясь, образует шугу, которая плывет до двух недель. Сплошной ледяной покров образуется обычно в начале ноября. Лед держится с ноября по май в течение 5,5- 6 месяцев, достигает толщины 1- 1,5 м. Многие мелкие реки промерзают до дна, а средние — на перекатах, при этом образуются наледи, обычно на одних и тех же местах.

Река Чикой берет свое начало с восточного склона центральной части Чикоконского хребта, южнее гольца Барун-Шибертуй (2523 м.). Общая длина реки от истока до устья около 770 км, является правым притоком р. Селенга.

По характеру русла, берегов и хозяйственному значению течение реки Чикой можно разделить на три участка. Первые 17 км от вершины до впадения р. Чикокон берега реки скалистые, русло каменистое и порожистое, течение быстрое, для судоходства и плотового сплава не пригодна.

Второй участок от устья р. Чикокон до с. Красный Чикой (254 км) протекает в горах до устья р. Жергей, отсюда меняет северо-восточное направление на западное, течёт в тектонической долине шириной от 5 до 10 км. От устья речки Ямаровка до конца участка образуются многочисленные протоки и острова. По сравнению с первым участком течение более медленно, река пригодна для плотового сплава леса, русло реки частично песчаное, но больше галечное.

Третий участок, от с. Красный Чикой до впадения в р. Селенга, условно считается судоходным. На этом участке р. Чикой пересекает Мензенский хребет, поэтому берега его часто скалисты, течение более медленное, извилистое, направление в пределах района юго-западное.

Река Чикой принимает многочисленные притоки. Правые притоки короткие, а левые представляют собой мощные реки, которые образуют вторичные самостоятельно развитые системы.

Река Менза, Минчжи река в Монголии и Забайкальском крае, левый приток реки Чикой (бассейн Селенги), течёт по гористой местности, порожиста. Исток реки расположен на северном склоне хребта Бага-Хэнтэй на территории Монголии. Протяженность реки по монгольской части составляет примерно 160 км, по российской стороне 230 км, площадь бассейна 13 800 км2. Средняя скорость течения – 1,6 м/с. Питание преимущественно дождевое, половодье летом.

Река Буркал - берет начало с Чекоконского хребта, абсолютных высот около 1820 м. средняя скорость течения – 1,7-1,9 м/с до 2,1 м/с. 30-ти километровый участок от устья р.Харчевка до устья р. Дербул – самый сложный для сплав: многочисленные каскады порогов, сливы, перекаты. Река категорируется IV категорией сложности и является самой интересной и сложной в спортивном отношении. Здесь отличная рыбалка на хариуса и ленка.

Памятник природы «Озеро Шебеты» - ландшафтный памятник природы регионального значения был организован в 1983 г. Озеро расположено на высоте 1576 м. н. у. м. Максимальная глубина озера достигает 35 м. Прозрачность воды более 4-х метров. Довольно часто на озеро приходят крупные животные – сохатый, медведь, изюбр и др. Озеро расположено на высоком скалистом плато. Озеро имеет форму круга диаметром около 2-х км.

Родники, минеральные источники Красночикойского района:
Святые источники Иоанно-Предтеченского монастыря у с. Урлук
Минеральный источник «Ямаровка» с. Ямаровка
Семиозёрский термоминеральный источник (Чикойский Горячий ключ) национальный парк "Чикой" у с. Семиозёрье