Рек на территории Ононского района мало, они маловодны. По северу и северо-востоку района протекает р. Онон и её приток р. Борзя.
На территории Даурского заповедника находятся озёра Барун-Торей и Зун-Торей (частично).
В восточной котловине района по всей площади распространены залежи озерных солей, соды, целебных грязей, источники минеральных вод.

Родники Ононского района:
Родник у с. Усть-Борзя 50.630872, 115.690595