Основные реки Змеиногорского района – Белая, берущая начало на юге с Тигирекского хребта, Корболиха, Гольцовка, Харьковка. Реки и речки принадлежат бассейну реки Обь и являются притоками Чарыша и Алея.

Разветвленная речная сеть является средой обитания многих видов рыб. В реках равнинной части обитают плотва, окунь, щука, лещ, язь, налим, карась, а в пойменных озерах – пескарь, ерш, подкаменщик. Горные реки менее богаты рыбными ресурсами. Основные представители – гольцовка, каменка, хариус, таймень, нельма, стерлядь. Наиболее ценный вид рыб относится к семейству лососевых – это таймень. Промыслового значения не имеет, но является объектом лицензионного лова. К ценным рыбам относится и сибирский хариус, который также не имеет промыслового значения, но является объектом любительского и спортивного лова.

Реки Змеиногорского района:
Белая (нижний приток Чарыша)
Березовка (приток Алея)
Ближняя Щелчиха
Большая Амелиха
Большая Гольцовка
Большая Каменка (приток Белой)
Большая Ускучевка
Большая Чесноковка (река)
Большой Тигирек
Гарновка
Глубочанка
Гольцовка (приток Алея)
Дальняя Щелчиха
Евстифеевка
Иркутка (приток Белой)
Казачья Слесарка
Каменка (верхний приток Алея)
Корболиха
Крахалиха
Малая Амелиха
Малая Белая (приток Белой, притока Чарыша)
Пещериха
Поперечная (приток Алея)
Секисовка
Степная (приток Таловки)
Таловка (приток Поперечной)
Тушканиха
Усть-Колыванка



Район богат озерами. Размеры большинства из них по площади не достигают 1 кв. км. Самое большое и самое красивое – озеро Колыванское (Саввушкинское).

Родники Змеиногорского района:
Родник «Серебряный» у с. Барановка, другое название источника «Петух» 51.064352, 82.087944
Родник «Сечина» у с. Барановка 50.993953, 82.148569
Родник «Глазной ключ» у г. Змеиногорск 51.113939, 82.107590
Родник «Святой» г. Змеиногорск
Святой источник с. Новохарьковка
Родник «Верхний» с. Саввушка 51.337062, 82.141730
Родник «Нижний» с. Саввушка 51.337014, 82.141833

Автор фото Владимир Т.