Водные ресурсы Забайкальского района представлены поверхностными водами - реками, озерами (многие из них солёные и горько-соленые) и подземными водами.

Реки Забайкальского района: по границе с Китаем протекает р. Аргунь, многие малые реки впадают или вытекают из озер.

Озера Забайкальского района: Орабудук (Орабусук), Сели-Нор, Зырде-Зырге, Хара-Нур (в Долине дзерена), Нижний Калтан, Жилино, Цхе-Нор, Шварцивское, Цуратуй, Зун-Шэбэртуй и др.

Родники, минеральные источники Забайкальского района
Родник у с. Абагайтуй 49.539384, 117.870200
Родник ур. Гавлю-Булак 49.866667 117.333333
Ключ Увыр-Будук 50.000000, 117.250000
В Забайкальском районе один минеральный источник находится недалеко от рудника "Абагайтуйский" – в пади "Дайка".