Основная река — Кума. Река Кума является важным источником воды для сельскохозяйственных нужд и водоснабжения. Для обеспечения водой используются Терско-Кумский канал и система водохранилищ.

Нефтекумское водохранилище служит для накопления воды, её распределения для сельскохозяйственных нужд и обеспечения водоснабжения населенных пунктов.

Реки: Горькая Балка, Сухая Кума, Сухая Горькая, Горькая Балка и др.

На территории района 76 га водных угодий занимает озеро Зункарь.

Нефтекумский район обладает запасами подземных вод, которые используются для питьевого водоснабжения, ирригации и промышленности. Водоснабжение населения питьевой водой производится посредством артезианских скважин.

Нефтекумский-1 участок пресных подземных вод расположен в непосредственной близости от районного центра - г. Нефтекумска, являющегося объектом водоснабжения за счет запасов подземных вод, разведанных в пределах водозаборных площадок "Промвода" и "Подкачка".

Затеречный участок подземных минеральных вод находится в Нефтекумском районе, вблизи поселка Затеречный. На участке имеется скважина, которой каптирован продуктивный водоносный горизонт акчагыльских отложений неогена для выведения сероводородных минеральных вод. Вода относится к термальным источникам и наделена всеми свойствами, которые имеет сочинская Мацеста. В настоящее время скважина законсервирована. В период эксплуатации, затеречненская вода помогала лечить ряд сердечных заболеваний, болезни опорно-двигательного аппарата, центральной нервной системы, обмена веществ, кожные заболевания.