Батюшка Серафим был родом из губернского города Курска, где отец его, Исидор Мошнин, имел кирпичные заводы и занимался в качестве подрядчика постройками каменных зданий, церквей и домов. Исидор Мошнин слыл за чрезвычайно честного человека, усердного к храмам Божиим и богатого, именитого купца. За десять лет до своей смерти он взялся построить в Курске новый храм во имя преподобного Сергия по плану знаменитого архитектора Растрелли. Впоследствии, в 1833 году, этот храм сделан был кафедральным собором. В 1752 году состоялась закладка храма, и, когда нижняя церковь с престолом во имя преподобного Сергия была готова в 1762 году, благочестивый строитель, отец великого старца Серафима, скончался. Передав все состояние свое доброй и умной жене Агафии, он поручил ей довести дело построения храма до конца.

Мать о. Серафима была еще благочестивее и милостивее отца: она много помогала бедным, в особенности сиротам и неимущим невестам. Агафия Мошнина в течение многих лет продолжала постройку Сергиевской церкви и лично наблюдала за рабочими. В 1778 году храм был окончательно отделан, и исполнение работ было так хорошо и добросовестно, что семейство Мошниных приобрело особое уважение между жителями Курска.

Отец Серафим родился в 1759 году, 19 июля, и наречен Прохором. При смерти отца Прохору было не более трех лет от рождения, следовательно, его всецело воспитала боголюбивая, добрая и умная матушка, которая учила его более примером своей жизни, проходившей в молитве, посещении храмов и в помощи бедным. Что Прохор был избранником Божиим от рождения своего, это видели все духовно развитые люди и тем более не могла не почувствовать его благочестивая мать. Так однажды, осматривая строение Сергиевской церкви, Агафия Мошнина ходила вместе со своим семилетним Прохором и незаметно дошла до самого верха строившейся тогда колокольни. Отойдя вдруг от матери, быстрый мальчик перевесился за перила, чтобы посмотреть вниз, и по неосторожности упал на землю. Испуганная мать в ужасе сбежала с колокольни, воображая найти своего сына разбитым до смерти, но, к несказанной радости и величайшему удивлению, увидела его целым и невредимым. Дитя стояло на ногах. Мать слезно возблагодарила Бога за спасение сына и поняла, что сын Прохор охраняется особым Промыслом Божиим.

Через три года новое событие обнаружило ясным образом покровительство Божие над Прохором. Ему исполнилось десять лет, и он отличался крепким телосложением, остротою ума, быстрою памятью и одновременно кротостью и смирением. Его начали учить церковной грамоте, и Прохор взялся за дело с охотою, но вдруг сильно заболел, и даже домашние не надеялись на его выздоровление. В самое трудное время болезни в сонном видении Прохор увидел Пресвятую Богородицу, Которая обещала посетить его и исцелить от болезни. Проснувшись, он рассказал это видение своей матери. Действительно, вскоре в одном из крестных ходов несли по городу Курску чудотворную икону Знамения Божией Матери по той улице, где был дом Мошниной. Пошел сильный дождь. Чтобы перейти на другую улицу, крестный ход, вероятно для сокращения пути и избежания грязи, направился чрез двор Мошниной. Пользуясь этим случаем, Агафия вынесла больного сына на двор, приложила к чудотворной иконе и поднесла под ее осенение. Заметили, что с этого времени Прохор начал поправляться и скоро совсем выздоровел. Так исполнилось обещание Царицы Небесной посетить отрока и исцелить его. С восстановлением здоровья Прохор продолжал успешно свое учение: изучал Часослов, Псалтирь, выучился писать и полюбил чтение Библии и духовных книг.

Старший брат Прохора, Алексей, занимался торговлей и имел свою лавку в Курске, так что малолетнего Прохора заставляли приучаться к торговле в этой лавке; но к торговле и барышам не лежало его сердце. Молодой Прохор не упускал почти ни одного дня без того, чтобы не посетить храм Божий, и за невозможностью быть у поздней литургии и вечерни, по случаю занятий в лавке, он вставал ранее других и спешил к утрени и ранней обедне. В то время в Курске жил какой-то Христа ради юродивый, которого имя теперь забыто, но тогда все чтили. Прохор с ним познакомился и всем сердцем прилепился к юродивому; последний в свою очередь возлюбил Прохора и своим влиянием еще больше расположил душу его к благочестию и уединенной жизни.

Умная мать его все примечала и душевно радовалась, что ее сын так близок ко Господу. Редкое счастие выпало и Прохору иметь такую мать и воспитательницу, которая не мешала, но способствовала его желанию выбрать себе духовную жизнь.

Через несколько лет Прохор стал заговаривать о монашестве и осторожно вызнавал, будет ли мать его против того, чтобы ему пойти в монастырь. Он, конечно, заметил, что добрая его воспитательница не противоречит его желанию и охотнее хотела бы отпустить его, чем удержать в мире; от этого в его сердце еще сильнее разгоралось желание монашеской жизни. Тогда Прохор начал говорить о монашестве со знакомыми людьми, и во многих он нашел сочувствие и одобрение. Так, купцы Иван Дружинин, Иван Безходарный, Алексей Меленин и еще двое выражали надежду идти вместе с ним в обитель.