Территория Белореченского района расположена на слабоволнистой равнине. Гидрографическая сеть района представлена левыми притоками реки Кубань - Белая и Пшиш и их притоками разных порядков. Реки характеризуются паводковым режимом, питанием преимущественно за счёт атмосферных осадков и подземных вод, неустойчивым ледоставом в зимнее время.
Река Белая - приток Кубани, характеризующийся наибольшей водностью, протекает в западной части района, принимая на его территории левые притоки, наиболее крупный из которых - р. Пшеха. По типу руслового процесса р. Белая относится к реке с русловой многорукавностью с элементами пойменной. Водный режим характеризуется весенне-летним половодьем и осенне-зимней меженью, на которые накладываются дождевые паводки, проходящие в любое время года. Из-за частых дождевых паводков гидрография реки Белой имеет гребенчатый вид.
Река Пшеха протяженностью 150 км. Расходы воды в устье могут колебаться от 15—20 до 120—150 м3/сек. Весеннее половодье приходится на середину весны. Средние уклоны в районе ст. Черниговской 2,5 м/км, в районе устья — до 1 м/км.
Реки Белая и Пшиш в пределах района характеризуются неустойчивостью русла, многорукавностью. Скорость течения этих рек составляет 1,0-1,5 м/с. Искусственные гидротехнические сооружения представлены Белореченским и Ганжинским водохранилищами, прудами и системой водоотводных каналов в пойме реки Пшиш.
Несомненно, большое негативное влияние на водные ресурсы Белореченского района оказывает, предприятие ОАО «ЕвроХим-БМУ» (Белореченский химзавод) расположенный в 10 км от города, в бассейнах притоков р. Белой и малых рек Ганжи - 1-я и Ганжи - 2-я. Химзавод располагается в юго-восточной части района на высоте около 200 м над уровнем моря и занимает территорию площадью 544 га. В бассейнах рек Ганжи- 1 и Ганжи - 2 построены отстойники химзавода.
Водоснабжение Белореченского района осуществляется за счет эксплуатации подземных вод - средне-верхнеплиоценового понтического, мэотического и верхнесарматского водоносных комплексов.
Родники, источники Белореченского района:Горячий минеральный источник минеральных вод в 1 км западнее х. Кубанский
Горячий минеральный источник у с. Великовечное
Святой источник великомученицы Параскевы Пятницы п. Новый
Святой источник священномученика Фаддея (Успенского) у х. Фадеевский