Водные ресурсы Пермского района представлены в основном реками: Кама, Сылва, Бабка и их притоками. В районе нет крупных озер.

Реки Пермского района: Бабка (приток Сылвы), Бизярка, Большая Вороновка, Большая Усолка, Бродовая (впадает в Камское водохранилище), Быза, Бырма (приток Бабки), Гаревка (приток Бабки), Голомысовка, Елымовка, Кама, Качка, Кулешовка (приток Бабки), Курашимовка, Куштанка, Малая Быковка (приток Большой Быковки), Мулянка (впадает в Воткинское водохранилище), Нижняя Мулянка, Пизя, Платошинка, Подборная, Полуденная (приток Юга), Пыж, Рассольная (приток Сыры), Рыж, Сарабаиха, Северная (приток Пизи), Северная (приток Юга), Серяк, Солянка (приток Бабки), Соснова (приток Пизи), Соснова 2-я, Сухобизярка, Сыра (впадает в Камское водохранилище), Сылва, Чуваковка, Чусовая, Юг (приток Бабки), Юг (впадает в Воткинское водохранилище), Юрчим и др.

Родники, источники Пермского района:
Святой источник святителя Николая Чудотворца (ближний) у с. Кольцово
Святой источник (дальний) у с. Кольцово
Минеральный источник с. Усть-Качка
Родник Мальцевский п. Юго-Камский 57.714182, 55.565070
Родник Запрудный п. Юго-Камский 57.716293, 55.600481
Святой источник преподобного Трифона Вятского с. Нижние Муллы
Родник д. Субботино
Родник у СНТ Черемшанка 57.820923, 56.514460