На территории Хорольского района рек немного, все они мелководные и часто перемерзают зимой. Наиболее крупные реки протекают по границе района — Илистая, Нестеровка, Абрамовка, Мельгуновка (прежнее название - Мо) с притоками Сегединка и Верхотуриха.
Северо-восточную часть района омывает озеро Ханка.