На территории Алейского района находятся несколько рек и ручьев, 7 крупных и несколько мелких озер.

Реки и ручьи Алейского района:
Алей
Барнаулка
Горевка (приток Алея)
Горячиха
Зиминка
Ильинка
Калманка (приток Оби)
Карымка
Карымка
Крутиха (приток Порозихи)
Левая Горевка
Молочиха
Панюшевка
Плотавка (приток Алея)
Поперечка (приток Карымки)
Порозиха
Солоновка (нижний приток Алея)
Солоновка (приток Чистюньки)
Тимошиха
Халдеиха
Чёрная Курья
Чистюнька (приток Алея)
Язевка (приток Алея)

Озера Алейского района:
Бахматовское
Верхнее Займище
Петровское
Приятельское
Серебренниковское
Среднее
Степное
Урлаповское

Родник Боровский у озера Верхнее Займище 52.622178, 82.179647