На территории Бурлинского района Алтайского края протекает единственная река Бурла. В её нижнем течении образуется Бурлинская озерно-речная система, в которую входят 10 пресноводных озер – Хорошее, Кабанье, Хомутиное, Песчаное, Травное, Кривое, Кабанье, Большое и Малое Топольное. Площадь озер Бурлинской системы составляет 27,2 тыс. га или 9,9 % общей площади района. В озерах обитают различные виды рыб: щука, плотва, язь, карась, сазан, окунь и т.д. Высокий рекреационный потенциал, сочетающий в себе наличие пресных озер, экологическую чистоту территории, а также развитая транспортная инфраструктура создают уникальные возможности для развития рекреационной зоны. Другие известные озера: Уйнак, Джульсульды.

Кроме пресных в районе есть и бессточные озера различной степени солености, 11% территории района расположено под водой.