По территории Крутихинского района протекает река Обь, на ней, построено Обское водохранилище (Новосибирское водохранилище). Протекают реки Разбойная, Бурла. В верховьях река Бурла протекает по Алеусскому (Бурлинскому) ленточному бору, образует цепочку озер: Большое Пустынное, Стеклянное, Лаврушино, Киприно, Васенькино, Прыганское.
Районный центр — село Крутиха, свое старинное название получило от имени ручейка, с быстрым течением и крутыми берегами, Крутишка.
Также расположены озера: Малое Пустынное, Бурлинское, Волчанское, Глухое, Гагайка, Малое, Большое, Варениха.