Почти половина территории Шелаболихинского района относится к долине и пойме Оби. В районе расположен значительный участок русла Оби. Остальные реки – это сравнительно небольшие притоки Оби. Справа в нее впадает Иня, слева – Шелаболиха, Кучук, Кулижка, Морозиха, Ермачиха, Дауриха. Пойма изрезана протоками (Демиха, Кипринская, Омутянская, Мостовое, Батуровская), озерами, в основном старицами.

Для режима Оби характерны ледостав (середина ноября, продолжительность 140-160 дней, средняя толщина льда около 1 м) и ледоход (середина апреля), когда нередки заторы в районе села Кучук и ниже у Чистого Яра (Ильинские луга). Наблюдаются две волны половодья: первая в начале мая (бурное таяние снегов), вторая, летняя – в конце июня (таяние горных снегов и ледников).

Реки Шелаболихинского района:
Ермачиха (приток Кишкинского Истока)
Иня (верхний приток Оби)
Кишкинский Исток
Куличиха
Купринская
Кучук (приток Оби)
Мереть (приток Оби)
Морозиха (приток Кучука)
Отнога (приток Куличихи)
Старая Иня
Упрямка
Устье Степной
Шелаболиха
Юдиха

Водными богатствами района являются подземные воды – грунтовые в пойме и межпластовые на плато. Вся питьевая вода и большая часть используемой на бытовые и хозяйственные нужды берется из-под земли, так же, как и значительная часть воды для полива огородов.

Родники Шелаболихинского района:
Родник с. Сибирка 53.4441918, 82.4978989