По территории Шипуновского района протекают реки, основная из них река Чарыш, имеется несколько озёр. Главные реки – Алей и Чарыш с многочисленными протоками и излучинами. Гидрографическая сеть района принадлежит бассейну Верхней Оби и представлена р. Алей, Чарыш, берущими начало в горах Алтая, их притоками, озерами и старицами.

Река Чарыш является одним из основных источников питьевого водоснабжения в районе (Чарышский групповой водопровод осуществляет водоснабжение населенных пунктов данного района). Поверхностные воды частично используются для коммунально-бытовых и сельскохозяйственных нужд.

Рыбы в водоемах: карась, щука, окунь, налим, язь, лещ, чебак, линь, таймень, нельма, хариус.

Малые реки Шипуновского района:
р. Поперечная, длина водотока 106 км
р. Клепечиха, длина водотока 62 км
р. Язевка, длина водотока 53 км
р. Комариха, длина водотока 41 км
р. Порозиха, длина водотока 82 км
р. Язевка
р. Вавилон

Озера Шипуновского района:
Зеркальное, площадь зеркала 22,3 км.кв., пресное
Спирино, площадь зеркала 1,2 км.кв., пресное
Матюгино, площадь зеркала 0,3 км.кв., пресное
Урлаповское, площадь зеркала 3,3 км.кв., пресное, входит частично
Кривое, площадь зеркала 2,0 км.кв., пресное
Кривое, площадь зеркала 213 га
Монастырское - памятник природы краевого значения
Крестьянское (соленое)
Шуракша
Хорьковское
Сыропятовское

Родники Шипуновского района:
Родник «Луговой» с. Горьковское 52.076825, 82.124618
Родник «Ключик» с. Нечунаево 52.257248, 82.396328
Родник «Нечунаево-2» у с. Нечунаево 52.268704, 82.378250
Родник «Пятилетский» урочище Михайловка 52.261716, 82.476663