Свято-Вознесенский скит на Секирной горе основан в XIX веке в память о явленном здесь чуде. Житийные тексты повествуют о чудесном знамении, свидетелями которого были преподобные Савватий и Герман в 1429 году. Место первого поселения подвижников на Большом Соловецком острове, позднее названное Савватиево, находилось недалеко от горы.

Однажды преподобный Савватий вышел из кельи покадить крест, воздвигнутый по прибытии на остров, и услышал плач. Преподобный Герман, выйдя вслед за ним, нашел у подножия горы жену рыбака, которая рассказала о том, что "два светлые юноши" секли ее прутьями, говоря: "уходите с этого места, вам нельзя здесь жить. Устроится тут жилище иноческому чину и соберется множество монахов во имя Божие". Это чудесное событие заставило мирских людей отказаться от намерений поселиться на Соловецких островах. Гора получила наименование Секирная.

В 1860 - 1862 годах на Секирной горе был возведен по проекту архитектора Шахларева столпообразный храм с двумя престолами. В верхнем ярусе находилась церковь в честь Вознесения Господня, в нижнем ярусе был устроен придел в честь Воспоминания чуда Архистратига Михаила в Хонех.

Храм завершает звонница с куполом, увенчанным небольшой главой. В световом барабане, на котором поставлена глава, был устроен маяк. Храм связан галереей с деревянным братским корпусом. С юго-западной стороны на гору ведет пологая дорога, а с севера - высокая лестница. С юго-востока у подножия горы находилась часовня в честь Воспоминания чуда Архистратига Михаила в Хонех (не сохранилась).

В 20-30-е годы XX века на Секирной горе располагалось IV отделение Соловецкого лагеря - штрафной изолятор. В храме были устроены тюремные камеры, крутая лестница на северном склоне горы, насчитывающая 250 ступеней, превращена в место мучительных казней узников. У северного склона Секирной горы 21 августа 1992 года был воздвигнут Поклонный крест в память всех погибших узников соловецкого лагеря.