Город Салехард расположен на правом берегу реки Обь, у места впадения в неё реки Полуй.
В черте города Салехарда протекают еще две небольшие реки являющиеся притоками Полуя – это Полябта и Шайтанка. Полябта берет свое начало из небольшого озера, вблизи города Салехарда и протекает в районе улиц Казачья, 2-я береговая, Набережная до впадения в реку Полуй.
Полябта имеет небольшую протяженность, приблизительно около 5 км. На ее берегу находятся лодочная станция и зона отдыха для жителей города Салехарда. Тут же проходят различные городские мероприятия, такие как День Молодежи и День Оленевода.
Река Шайтанка берет начало в болотах на востоке, недалеко от Салехарда в пределах Приуральского района. Длина реки около 9 км. Обе реки не имеют притоков. Питание у рек исключительно снеговое и дождевое. После завершения весеннего паводка реки значительно мельчают. Кроме рек водными объектами города Салехарда являются ручьи, маленькие озера, пруды.